A Tennessee Egyetemet Blount College néven alapították, William Blount területi kormányzóról nevezték el, és 1794. szeptember 10-én alapította a Knoxville-ben ülésező délnyugati terület törvényhozása. A negyven házból és kétszáz lakosból álló határ menti faluban egyetlen épületben működő főiskola túl ambiciózus vállalkozásnak tűnt. Az alapítók motivációi ismeretlenek, de valószínűleg a forradalom utáni főiskola-alapítási tendenciát követték, hogy képzett polgárokat hozzanak létre a köztársasági kormányzás új kísérletéhez. Bár az első elnök a helyi presbiteriánus lelkész volt, és az első tíz elnök közül hét egyházi személy volt, a főiskola nem volt felekezeti.
A főiskola bizonytalan életet élt. Mindössze egyetlen diák végzett, és a főiskola anyagi támogatása a tandíjra támaszkodott. 1807-ben az állami törvényhozás East Tennessee College néven újraalapította a főiskolát, és állami földterület juttatásával javította pénzügyi kilátásait. Amikor az első elnök, Samuel Carrick 1809-ben meghalt, a főiskola egy évtizedre bezárt. Az East Tennessee College 1820-ban nyitotta meg újra kapuit, majd nyolc évvel később egy új épületbe költözött a városon kívüli dombon. 1840-re az intézmény új nevet kapott: East Tennessee University, de kilátásai továbbra is bizonytalanok voltak. A következő húsz évben több elnök is volt, és a tanári kar sosem volt ötnél több. A 100 diák körülbelül fele az előkészítő tanszékre iratkozott be, amely középiskolaként működött, hogy felkészítse a diákokat a rendes főiskolai képzésre való felvételre.
A polgárháború alatt az egyetem bezárt; mindkét hadsereg egymás után foglalta el az épületeket kórházként, és a háború végére a környék minden növényzetet nélkülözött. Thomas Humes, aki 1865-ben lett az egyetem elnöke, az Unió szimpatizánsa volt, és befolyását felhasználva 18 500 dollárt szerzett a szövetségi kormánytól a háborús károk megtérítéseként. 1869-ben az állami törvényhozás az egyetemet jelölte ki az 1862-es Morrill-törvény által biztosított pénzeszközök címzettjeként. Ez a szövetségi törvény olyan főiskolák és egyetemek létrehozásához nyújtott állami földtámogatásokat vagy szkripteket, amelyekben mezőgazdaságot, mechanikai művészeteket és hadtudományokat oktattak. Ez az egyetemi vagyonra tett áldás az egyetemet mintegy 400 000 dollár éves kamatának, mintegy 24 000 dollárnak a kedvezményezettjévé tette.
1879-ben az állam átnevezte az intézményt Tennessee Egyetemre. A változtatást kérve a kurátorok annak a reményüknek adtak hangot, hogy a névváltoztatás arra ösztönzi majd a törvényhozást, hogy rendszeres pénzügyi támogatást nyújtson, de erre a nagylelkűségre még huszonöt évet kellett várni. Időközben az intézmény saját erejéből igyekezett nem csak nevében egyetemmé válni. A kissé rejtőzködő és klasszikusan orientált tanári kar nem volt hajlandó megváltoztatni az egyetem irányát, de az 1887-ben hivatalba lépő elnök nem volt az. Charles Dabney, az első doktori címmel rendelkező elnök, átalakította a kar és az intézmény működését. Sikeresen megszüntette az előkészítő tanszéket, véget vetett a katonai rendnek, amely a diákok életét irányította, és jogi iskolát, valamint oktatási tanszéket indított (Philander Claxton vezetésével). 1902-től 1918-ig egy másik újítás, az egyetem déli nyári iskolája mintegy 32 000 regionális állami iskolai tanár felkészültségét javította. 1892-ben ideiglenesen felvették a nőket, és a következő évben feltétel nélkül felvételt nyertek. A fehérek és a feketék közoktatásának javítását lelkesen szorgalmazó Dabney, aki a nagy hatású Universal Education in the South (1936) című értekezés szerzője volt, túl liberálisnak bizonyult a kuratórium számára, és 1904-ben távozott a Cincinnati Egyetem elnöki székébe. Utódja, Brown Ayres tovább erősítette az egyetem tudományos programjait, és meggyőzte a törvényhozást, hogy rendszeres éves előirányzatokat vezessen be az intézmény működéséhez, amelynek csúcspontja az első egymillió dolláros juttatás volt 1917-ben.
A huszadik században a Tennessee Egyetem modern egyetemként jelent meg, orvosi, fogorvosi, ápolói és gyógyszerészeti szakiskolákkal, amelyek mind Memphisben találhatók. Ez az intézmény ma University of Tennessee, Memphis, Egészségügyi Szolgáltató Központ néven ismert. A Knoxville-i campus mezőgazdasági, építészeti és tervezési, művészeti és tudományos, üzleti, kommunikációs, oktatási, mérnöki, humánökológiai, informatikai, jogi, ápolási, szociális munka és állatorvosi programokat kínál, amelyek alap-, mester- és szakképzettséghez vezetnek. További kampuszok találhatók Martinban és Tullahomában, ahol 1964-ben Űrkutatási Intézetet hoztak létre. 1969-ben az 1886-ban alapított magánintézmény, a Chattanoogai Egyetem is bekerült az újonnan kijelölt egyetemi “rendszerbe”, Knoxville-i elnökkel és egyetemi kancellárokkal. 1971-től 1979-ig az egyetem fenntartott egy kampuszt Nashville-ben, mielőtt az állam deszegregációs programjának részeként elrendelték annak bezárását és egyesítését a Tennessee Állami Egyetemmel.
A közpénzekből származó pénzügyi támogatás ellenére az előirányzatok soha nem finanszírozták megfelelően az egyetemet. Az állami finanszírozás jelenleg az intézmény költségvetésének körülbelül egyharmadát biztosítja. Az Andrew D. Holt elnök (1959-70) által indított agresszív fejlesztési program olyan adományokat hozott, amelyek 1996 végére több mint 410 millió dolláros alapítványi tőkét eredményeztek.
A nők XIX. század végi felvételén kívül a legfontosabb változás a hallgatói létszámban 1952-ben következett be, amikor szövetségi bírósági határozat alapján afroamerikaiakat vettek fel a doktori és jogi iskolákba. Kilenc évvel később a kuratórium önként megnyitotta a kapukat a fekete egyetemisták előtt. A feketék beiratkozási aránya jelenleg a knoxville-i campuson öt százalék, Memphisben 10 százalék, Chattanoogában és Martinban pedig 13-14 százalék között mozog. 2000-ben az egyetem több mint 26 000 hallgatót számlált a knoxville-i kampuszon, és mintegy négyszáz egyetemi és főiskolai diplomát szerzett.
Míg az egyetem mind a férfi, mind a női atlétika terén országos hírnévre tett szert – a Lady Vols kosárlabdacsapat hat nemzeti bajnokságot nyert, a Volunteers futballcsapata pedig 1951-ben és 1998-ban nyert nemzeti bajnokságot -, az intézmény egy Nobel-díjast, hét Rhodes-ösztöndíjast, hat Pulitzer-díjast, két National Book Award-díjast, kilenc amerikai szenátort és az Egyesült Államok Legfelsőbb Bíróságának egy társbíráját is kitermelte. Több mint 230.000 élő öregdiákja tanúskodik arról, hogy az egyetem sikeresen teljesíti küldetését, azaz felkészíti a Tennesse-i polgárokat az állam és a nemzet polgáraiként betöltött szerepükre, és segíti őket saját lehetőségeik megvalósításában.