Dall’indipendenza sia gli amerindi che i neri hanno continuato a risiedere ai margini della vita nazionale. Come gruppo, tuttavia, i neri si sono integrati maggiormente nella società nazionale e vi hanno lasciato un’impronta maggiore per diverse ragioni. Gli amerindi erano nuovi alle strutture sociali spagnole e britanniche. Gli spagnoli e gli inglesi avevano posseduto a lungo gli africani come schiavi e non li trovarono così alieni come gli amerindi che incontrarono nel Nuovo Mondo. Inoltre, era più difficile per i neri mantenere la loro cultura originale perché, a differenza degli indigeni, non potevano rimanere all’interno delle loro comunità e non avevano inizialmente la possibilità di ritirarsi in aree isolate. Inoltre, i neri provenivano da diverse aree dell’Africa, spesso non condividevano la stessa lingua o cultura e non erano raggruppati in unità sociali organizzate all’arrivo nel Nuovo Mondo. Nonostante le rivolte degli schiavi, nessuna grande comunità di schiavi fuggiti è sopravvissuta in isolamento per conservare la sua eredità africana, come fecero i maroons in Giamaica, ad eccezione del villaggio di Palenque de San Basilio, situato a sud-est di Cartagena, che era una delle comunità murate chiamate ‘palenques’, fondate dagli schiavi fuggiti come rifugio nel XVII secolo. Delle molte palenques che esistevano in passato, solo quella di San Basilio è sopravvissuta fino ai giorni nostri e si è sviluppata in uno spazio culturale unico.
Infine, nonostante la loro posizione sul gradino più basso della scala sociale, gli schiavi neri avevano spesso stretti rapporti – come domestici – con spagnoli e inglesi ed erano quindi esposti alla cultura spagnola|britannica molto più degli amerindi. Così, i neri divennero una parte – anche se periferica – della società colombiana fin dall’inizio, adottando i modi di fare degli spagnoli/britannici che erano loro permessi e imparando la loro lingua. Alla fine del periodo coloniale, i neri si consideravano colombiani e si sentivano superiori agli amerindi, che ufficialmente occupavano uno status più alto, erano nominalmente liberi, ed erano più vicini per colore della pelle, caratteristiche facciali e struttura dei capelli all’emergente mix di meticci.
Molti neri lasciarono lo status di schiavi all’inizio della storia colombiana, diventando parte della popolazione libera. I loro proprietari concessero la libertà ad alcuni, altri acquistarono la loro libertà, ma probabilmente il maggior numero raggiunse la libertà attraverso la fuga. Molti schiavi furono liberati a seguito di rivolte, in particolare nella valle del Cauca e lungo la costa caraibica. L’eliminazione della schiavitù iniziò con una legge sulla nascita libera nel 1821, ma l’emancipazione totale fu promulgata solo nel 1851, entrando in vigore il 1º gennaio 1852.
I neri che ottennero la libertà a volte si trasferirono nelle comunità amerindie, ma neri e zambos rimasero in fondo alla scala sociale ed erano importanti solo come fonte di lavoro. Altri fondarono i loro propri insediamenti, principalmente nelle terre instabili del bacino del Pacifico dove furono chiamati cimarrones (maroons). Quelle regioni erano molto malsane, inospitali e pericolose. Alcune città, come San Basilio de Palenque nell’attuale dipartimento di Bolívar, e San José de Uré nel sud di Córdoba, hanno mantenuto la storia della rivolta nelle loro tradizioni orali. Nella zona del Chocó, lungo il Pacifico, molte delle comunità nere rimasero relativamente miste, probabilmente perché c’erano pochi bianchi nella zona, e gli amerindi divennero sempre più resistenti all’assimilazione.
In altre regioni, come San Andrés y Providencia, o la valle della Magdalena, le comunità nere avevano una notevole mescolanza bianca e/o amerindi. I discendenti degli schiavi hanno conservato relativamente poco della loro eredità o identificazione africana. Alcuni nomi di località derivano da lingue africane, e alcuni strumenti musicali tradizionali portati nel paese dagli schiavi sono usati in tutto il paese. La religione nelle comunità nere rimane il legame più durevole con il passato africano. Le comunità completamente nere stanno scomparendo, non solo perché i loro abitanti si sono trasferiti nelle città, ma anche perché le popolazioni bianche e meticce circostanti si sono trasferite nelle comunità nere. L’eventuale assorbimento nell’ambiente misto sembra inevitabile. Inoltre, man mano che i neri si sono spostati dalle periferie alla corrente principale della società, hanno percepito i vantaggi di un’istruzione e di un lavoro migliori. Piuttosto che formare organizzazioni per promuovere il loro avanzamento come gruppo, i neri si sono per lo più concentrati sul raggiungimento della mobilità attraverso lo sforzo individuale e l’adattamento al sistema prevalente.
Gli afro-colombiani hanno diritto a tutti i diritti e le protezioni costituzionali, ma continuano ad affrontare una significativa discriminazione economica e sociale. Secondo il censimento del 2005, si stima che il 74% degli afrocolombiani guadagnasse meno del salario minimo. Il Chocó, il dipartimento con la più alta percentuale di residenti afro-colombiani, aveva il più basso livello di investimenti sociali pro capite e si classificava all’ultimo posto in termini di istruzione, salute e infrastrutture. Ha anche continuato a sperimentare alcune delle peggiori violenze politiche del paese, mentre i paramilitari e i guerriglieri lottavano per il controllo dei corridoi chiave del dipartimento per il traffico di droga e armi.