Desde la independencia, tanto los amerindios como los negros han seguido residiendo en la periferia de la vida nacional. Sin embargo, como grupo, los negros se han integrado más en la sociedad nacional y han dejado una mayor huella en ella por varias razones. Los amerindios eran nuevos en las estructuras sociales españolas|británicas. Los españoles y los británicos habían tenido durante mucho tiempo a los africanos como esclavos y no los encontraron tan extraños como los amerindios que encontraron en el Nuevo Mundo. Además, a los negros les resultaba más difícil mantener su cultura original porque, a diferencia de los indígenas, no podían permanecer en sus propias comunidades y no tenían inicialmente la opción de retirarse a zonas aisladas. Además, los negros procedían de distintas zonas de África, a menudo no compartían la misma lengua ni la misma cultura, y no se agruparon en unidades sociales organizadas a su llegada al Nuevo Mundo. A pesar de las revueltas de esclavos, ninguna gran comunidad de esclavos fugados sobrevivió aislada para preservar su herencia africana, como hicieron los cimarrones en Jamaica, salvo el pueblo de Palenque de San Basilio, situado al sureste de Cartagena, que era una de las comunidades amuralladas llamadas «palenques», fundadas por esclavos fugados como refugio en el siglo XVII. De los muchos palenques que existieron en tiempos pasados, sólo el de San Basilio ha sobrevivido hasta nuestros días y se ha convertido en un espacio cultural único.
Por último, a pesar de su posición en el escalón más bajo de la escala social, los esclavos negros a menudo tenían relaciones estrechas -como sirvientes domésticos- con españoles y británicos y, por lo tanto, estaban expuestos a la cultura española|británica mucho más que los amerindios. Así, los negros se convirtieron en una parte -aunque periférica- de la sociedad colombiana desde el principio, adoptando las costumbres de los españoles|británicos que se les permitían y aprendiendo su lengua. Al final del período colonial, los negros se consideraban a sí mismos como colombianos y se sentían superiores a los amerindios, que ocupaban oficialmente un estatus más alto, eran nominalmente libres y se acercaban más en el color de la piel, los rasgos faciales y la textura del cabello a la emergente mezcla de mestizos.
Muchos negros abandonaron la condición de esclavos al principio de la historia de Colombia, pasando a formar parte de la población libre. Sus dueños concedieron la libertad a algunos, otros compraron su libertad, pero probablemente el mayor número logró la libertad mediante la fuga. Muchos esclavos fueron liberados como resultado de revueltas, particularmente en el valle del Cauca y en la costa del Caribe. La eliminación de la esclavitud comenzó con una ley de nacimiento libre en 1821, pero la emancipación total sólo se promulgó en 1851, haciéndose efectiva el 1 de enero de 1852.
Los negros que lograron la libertad a veces se trasladaron a las comunidades amerindias, pero los negros y los zambos permanecieron en la parte inferior de la escala social y fueron importantes sólo como fuente de trabajo. Otros fundaron sus propios asentamientos, principalmente en las tierras despobladas de la cuenca del Pacífico, donde se les llamaba cimarrones. Esas regiones eran muy insalubres, inhóspitas y peligrosas. Algunos pueblos, como San Basilio de Palenque, en el actual departamento de Bolívar, y San José de Uré, en el sur de Córdoba, mantuvieron viva la historia de la rebelión en sus tradiciones orales. En la zona del Chocó, a lo largo del Pacífico, muchas de las comunidades negras permanecieron relativamente sin mezclar, probablemente porque había pocos blancos en la zona, y los amerindios se resistieron cada vez más a la asimilación.
En otras regiones, como San Andrés y Providencia, o el valle del Magdalena, las comunidades negras tenían una considerable mezcla de blancos y/o amerindios. Los descendientes de los esclavos han conservado relativamente poco de su herencia o identificación africana. Algunos topónimos derivan de lenguas africanas y algunos instrumentos musicales tradicionales traídos por los esclavos se utilizan en todo el país. La religión en las comunidades negras sigue siendo el vínculo más duradero con el pasado africano. Las comunidades totalmente negras han ido desapareciendo, no sólo porque sus residentes se han ido trasladando a las ciudades, sino también porque la población mestiza y blanca de los alrededores se ha ido trasladando a las comunidades negras. La absorción final en el medio mixto parece inevitable. Además, a medida que los negros se han ido incorporando a la corriente principal de la sociedad desde sus periferias, han percibido las ventajas de una mejor educación y empleo. En lugar de formar organizaciones para promover su progreso como grupo, los negros se han concentrado en su mayor parte en lograr la movilidad mediante el esfuerzo individual y la adaptación al sistema imperante.
Los afrocolombianos tienen todos los derechos y protecciones constitucionales, pero siguen sufriendo una importante discriminación económica y social. Según el censo de 2005, se calcula que el 74% de los afrocolombianos ganaban menos del salario mínimo. Chocó, el departamento con el mayor porcentaje de residentes afrocolombianos, tenía el nivel más bajo de inversión social per cápita y ocupaba el último lugar en términos de educación, salud e infraestructura. También continuó experimentando una de las peores violencias políticas del país, ya que los paramilitares y las guerrillas lucharon por el control de los corredores clave de contrabando de drogas y armas del departamento.