Depuis l’indépendance, tant les Amérindiens que les Noirs ont continué à résider en marge de la vie nationale. En tant que groupe, cependant, les Noirs se sont davantage intégrés à la société nationale et y ont laissé une plus grande empreinte pour plusieurs raisons. Les Amérindiens étaient nouveaux dans les structures sociales espagnoles et britanniques. Les Espagnols et les Britanniques possédaient depuis longtemps des Africains comme esclaves et ne les trouvaient pas aussi étrangers que les Amérindiens qu’ils rencontraient dans le Nouveau Monde. En outre, il était plus difficile pour les Noirs de maintenir leur culture d’origine car, contrairement aux autochtones, ils ne pouvaient pas rester au sein de leurs propres communautés et n’avaient pas, au départ, la possibilité de se retirer dans des zones isolées. De plus, les Noirs venaient de différentes régions d’Afrique, ne partageaient souvent ni la même langue ni la même culture, et n’étaient pas regroupés en unités sociales organisées à leur arrivée dans le Nouveau Monde. Malgré les révoltes d’esclaves, aucune grande communauté d’esclaves en fuite n’a survécu dans l’isolement pour préserver son héritage africain, comme l’ont fait les marrons en Jamaïque, à l’exception du village de Palenque de San Basilio, situé au sud-est de Carthagène, qui était l’une des communautés fortifiées appelées « palenques », fondées par des esclaves en fuite comme refuge au XVIIe siècle. Des nombreux palenques qui existaient autrefois, seul celui de San Basilio a survécu jusqu’à nos jours et s’est développé en un espace culturel unique.
Enfin, malgré leur position au bas de l’échelle sociale, les esclaves noirs avaient souvent des relations étroites – en tant que domestiques – avec les Espagnols et les Britanniques et étaient donc exposés à la culture espagnole|britannique beaucoup plus que ne l’étaient les Amérindiens. Ainsi, les Noirs ont fait partie – bien que de manière périphérique – de la société colombienne dès le début, adoptant les manières de faire des Espagnols et des Britanniques qui leur étaient permises et apprenant leur langue. À la fin de la période coloniale, les Noirs se considéraient comme des Colombiens et se sentaient supérieurs aux Amérindiens, qui occupaient officiellement un statut plus élevé, étaient nominalement libres et se rapprochaient par la couleur de la peau, les traits du visage et la texture des cheveux du mélange métis émergent.
De nombreux Noirs ont quitté le statut d’esclave très tôt dans l’histoire de la Colombie, faisant partie de la population libre. Leurs propriétaires ont accordé la liberté à certains, d’autres ont acheté leur liberté, mais probablement le plus grand nombre a obtenu la liberté par la fuite. De nombreux esclaves ont été libérés à la suite de révoltes, notamment dans la vallée du Cauca et le long de la côte caraïbe. L’élimination de l’esclavage a commencé par une loi sur la libre naissance en 1821, mais l’émancipation totale n’a été promulguée qu’en 1851, devenant effective le 1er janvier 1852.
Les Noirs qui ont obtenu la liberté se sont parfois installés dans des communautés amérindiennes, mais les Noirs et les zambos sont restés au bas de l’échelle sociale et n’étaient importants que comme source de main-d’œuvre. D’autres ont fondé leurs propres colonies, principalement dans les terres non colonisées du bassin du Pacifique où ils étaient appelés cimarrones (marrons). Ces régions étaient très insalubres, inhospitalières et dangereuses. Un certain nombre de villes, comme San Basilio de Palenque, dans l’actuel département de Bolívar, et San José de Uré, dans le sud de Córdoba, ont conservé l’histoire de la révolte dans leurs traditions orales. Dans la région du Chocó, le long du Pacifique, de nombreuses communautés noires sont restées relativement peu métissées, probablement parce qu’il y avait peu de Blancs dans la région, et que les Amérindiens sont devenus de plus en plus résistants à l’assimilation.
Dans d’autres régions, comme San Andrés y Providencia, ou la vallée du Magdalena, les communautés noires présentaient un brassage blanc et/ou amérindien considérable. Les descendants d’esclaves ont conservé relativement peu de leur héritage ou de leur identification africaine. Certains noms de lieux sont dérivés de langues africaines et certains instruments de musique traditionnels apportés dans le pays par les esclaves sont utilisés dans tout le pays. La religion dans les communautés noires reste le lien le plus durable avec le passé africain. Les communautés entièrement noires ont disparu, non seulement parce que leurs résidents se sont déplacés vers les villes, mais aussi parce que les populations métisses et blanches environnantes se sont installées dans les communautés noires. L’absorption éventuelle dans le milieu mixte semble inévitable. De plus, en quittant la périphérie de la société pour rejoindre le courant principal, les Noirs ont perçu les avantages d’une meilleure éducation et de meilleurs emplois. Plutôt que de former des organisations pour promouvoir leur avancement en tant que groupe, les Noirs se sont pour la plupart concentrés sur la réalisation de la mobilité par l’effort individuel et l’adaptation au système dominant.
Les Afro-Colombiens bénéficient de tous les droits et protections constitutionnels, mais ils continuent de faire face à une discrimination économique et sociale importante. Selon le recensement de 2005, on estime que 74 % des Afro-Colombiens gagnaient moins que le salaire minimum. Le département de Chocó, qui compte le pourcentage le plus élevé de résidents afro-colombiens, présentait le plus faible niveau d’investissement social par habitant et se classait au dernier rang en termes d’éducation, de santé et d’infrastructures. Il a également continué à subir certaines des pires violences politiques du pays, les paramilitaires et les guérilleros luttant pour le contrôle des principaux couloirs de trafic de drogue et d’armes du département.