Seit der Unabhängigkeit haben sowohl die Indianer als auch die Schwarzen weiterhin am Rande des nationalen Lebens gelebt. Die Schwarzen als Gruppe haben sich jedoch stärker in die nationale Gesellschaft integriert und diese aus mehreren Gründen stärker geprägt. Die Indianer waren neu in den spanisch-britischen Gesellschaftsstrukturen. Die Spanier und Briten hatten lange Zeit Afrikaner als Sklaven besessen und empfanden sie nicht als so fremd wie die Indianer, auf die sie in der Neuen Welt trafen. Außerdem war es für die Schwarzen schwieriger, ihre ursprüngliche Kultur zu bewahren, da sie im Gegensatz zu den Ureinwohnern nicht in ihren eigenen Gemeinschaften bleiben konnten und anfangs nicht die Möglichkeit hatten, sich in isolierte Gebiete zurückzuziehen. Außerdem stammten die Schwarzen aus verschiedenen Gebieten Afrikas, hatten oft nicht dieselbe Sprache oder Kultur und waren bei ihrer Ankunft in der Neuen Welt nicht in organisierten sozialen Einheiten zusammengeschlossen. Trotz der Sklavenaufstände überlebte keine große Gemeinschaft entflohener Sklaven in der Isolation, um ihr afrikanisches Erbe zu bewahren, wie es die Maroons in Jamaika taten, mit Ausnahme des Dorfes Palenque de San Basilio südöstlich von Cartagena, das zu den von Mauern umgebenen Gemeinden, den so genannten Palenques, gehörte, die von entflohenen Sklaven als Zufluchtsort im 17. Von den vielen Palenques, die es früher gab, hat nur die von San Basilio bis heute überlebt und sich zu einem einzigartigen Kulturraum entwickelt.
Schließlich hatten schwarze Sklaven trotz ihrer Position auf der untersten Stufe der sozialen Leiter oft enge Beziehungen – als Hausangestellte – zu Spaniern und Briten und waren daher der spanisch-britischen Kultur viel stärker ausgesetzt als die Indianer. So wurden die Schwarzen von Anfang an Teil der kolumbianischen Gesellschaft – wenn auch nur am Rande – und übernahmen die ihnen erlaubten Verhaltensweisen der Spanier und Briten und lernten deren Sprache. Am Ende der Kolonialzeit betrachteten sich die Schwarzen als Kolumbianer und fühlten sich den Indianern überlegen, die offiziell einen höheren Status hatten, nominell frei waren und in Hautfarbe, Gesichtszügen und Haarbeschaffenheit der entstehenden Mestizenmischung näher standen.
Viele Schwarze verließen früh in der kolumbianischen Geschichte den Sklavenstatus und wurden Teil der freien Bevölkerung. Einige wurden von ihren Besitzern in die Freiheit entlassen, andere erkauften sich ihre Freiheit, aber wahrscheinlich gelang es den meisten, durch Flucht zu entkommen. Viele Sklaven wurden im Zuge von Aufständen befreit, insbesondere im Cauca-Tal und an der Karibikküste. Die Abschaffung der Sklaverei begann mit einem Gesetz über die freie Geburt im Jahr 1821, aber die vollständige Emanzipation wurde erst 1851 beschlossen und trat am 1. Januar 1852 in Kraft.
Die Schwarzen, die die Freiheit erlangten, zogen manchmal in indianische Gemeinschaften, aber Schwarze und Zambos blieben am unteren Ende der sozialen Skala und waren nur als Arbeitskräfte wichtig. Andere gründeten ihre eigenen Siedlungen, vor allem in den unbesiedelten Gebieten des Pazifikbeckens, wo sie als Cimarrones (Maroons) bezeichnet wurden. Diese Regionen waren sehr ungesund, unwirtlich und gefährlich. Einige Städte wie San Basilio de Palenque im heutigen Departement Bolívar und San José de Uré im Süden von Córdoba hielten die Geschichte des Aufstands in ihren mündlichen Überlieferungen lebendig. Im Chocó-Gebiet entlang des Pazifiks blieben viele der schwarzen Gemeinden relativ unvermischt, wahrscheinlich weil es dort nur wenige Weiße gab und die Indianer sich zunehmend gegen eine Assimilierung wehrten.
In anderen Regionen, wie San Andrés y Providencia oder dem Magdalena-Tal, waren die schwarzen Gemeinden stark mit Weißen und/oder Indianern vermischt. Die Nachkommen der Sklaven haben relativ wenig von ihrem afrikanischen Erbe oder ihrer Identität bewahrt. Einige Ortsnamen sind von afrikanischen Sprachen abgeleitet, und einige traditionelle Musikinstrumente, die von den Sklaven ins Land gebracht wurden, werden im ganzen Land verwendet. Die Religion in den schwarzen Gemeinschaften ist nach wie vor die dauerhafteste Verbindung zur afrikanischen Vergangenheit. Vollständig schwarze Gemeinden sind im Verschwinden begriffen, nicht nur, weil ihre Bewohner in die Städte abgewandert sind, sondern auch, weil die umliegende mestizische und weiße Bevölkerung in die schwarzen Gemeinden gezogen ist. Die Aufnahme in das gemischte Milieu scheint unvermeidlich zu sein. Darüber hinaus haben die Schwarzen, die sich von der Peripherie in die Mitte der Gesellschaft bewegt haben, die Vorteile einer besseren Ausbildung und von Arbeitsplätzen wahrgenommen. Anstatt Organisationen zu gründen, um ihren Aufstieg als Gruppe zu fördern, haben sich die Schwarzen größtenteils darauf konzentriert, ihre Mobilität durch individuelle Anstrengungen und Anpassung an das vorherrschende System zu erreichen.
Afro-Kolumbianer haben Anspruch auf alle verfassungsmäßigen Rechte und Schutzmaßnahmen, sind aber nach wie vor erheblicher wirtschaftlicher und sozialer Diskriminierung ausgesetzt. Nach der Volkszählung von 2005 verdienten schätzungsweise 74 Prozent der Afrokolumbianer weniger als den Mindestlohn. Chocó, das Departement mit dem höchsten Anteil an afrokolumbianischen Einwohnern, wies die niedrigsten Sozialinvestitionen pro Kopf auf und rangierte in den Bereichen Bildung, Gesundheit und Infrastruktur auf dem letzten Platz. Außerdem herrschte dort weiterhin eine der schlimmsten politischen Gewalttätigkeiten des Landes, da Paramilitärs und Guerillas um die Kontrolle der wichtigsten Korridore für den Drogen- und Waffenschmuggel kämpften.