Valtiosta itsenäistymisen jälkeen sekä intiaanit että mustat ovat edelleen asuneet kansallisen elämän laitamilla. Ryhmänä mustat ovat kuitenkin integroituneet paremmin kansalliseen yhteiskuntaan ja jättäneet siihen suuremman jäljen useista syistä. Espanjalais-brittiläiset yhteiskuntarakenteet olivat uusia intiaaneille. Espanjalaiset ja britit olivat jo pitkään pitäneet afrikkalaisia orjina eivätkä pitäneet heitä yhtä vieraina kuin Uudessa maailmassa kohtaamiaan intiaaneja. Lisäksi mustien oli vaikeampi säilyttää alkuperäistä kulttuuriaan, koska toisin kuin alkuperäiskansat, he eivät voineet pysyä omissa yhteisöissään eikä heillä ollut alun perin mahdollisuutta vetäytyä eristyksissä oleville alueille. Lisäksi mustat tulivat eri puolilta Afrikkaa, heillä ei useinkaan ollut samaa kieltä tai kulttuuria, eikä heitä ryhmitelty järjestäytyneiksi sosiaalisiksi yksiköiksi Uuteen maailmaan saapuessaan. Orjakapinoista huolimatta yksikään suuri karanneiden orjien yhteisö ei säilynyt eristyksissä säilyttääkseen afrikkalaisen perintönsä, kuten maroonit Jamaikalla, lukuun ottamatta Cartagenan kaakkoispuolella sijaitsevaa Palenque de San Basilion kylää, joka oli yksi ”palenqueiksi” kutsutuista muurien ympäröimistä yhdyskunnista, jotka karanneet orjat perustivat suojapaikakseen 1600-luvulla. Entisaikojen monista palenqueista vain San Basilion palenque on säilynyt nykypäivään asti ja kehittynyt ainutlaatuiseksi kulttuuritilaksi.
Loppujen lopuksi, vaikka mustat orjat olivatkin yhteiskunnallisen tikapuun alimmalla portaalla, heillä oli usein läheisiä suhteita espanjalaisiin ja briteihin kotiapulaisina, ja näin ollen he altistuivat espanjalaiselle|brittiläiselle kulttuurille paljon enemmän kuin intiaanit. Näin mustista tuli alusta alkaen osa – vaikkakin perifeerinen osa – kolumbialaista yhteiskuntaa, ja he omaksuivat espanjalaisten ja brittien tavat, jotka heille sallittiin, ja oppivat heidän kielensä. Siirtomaa-ajan loppuun mennessä mustat pitivät itseään kolumbialaisina ja tunsivat itsensä ylempiarvoisiksi kuin intiaanit, joilla oli virallisesti korkeampi asema, jotka olivat nimellisesti vapaita ja jotka olivat ihonväriltään, kasvonpiirteiltään ja hiusrakenteeltaan lähempänä syntymässä olevaa mestissisekoitusta.
Monet mustat jättivät orjan aseman jo varhaisessa vaiheessa Kolumbian historiaa, ja heistä tuli osa vapaata väestöä. Heidän omistajansa myönsivät joillekin vapauden, toiset ostivat vapautensa, mutta luultavasti suurin osa saavutti vapauden pakenemalla. Monet orjat vapautettiin kapinoiden seurauksena erityisesti Caucan laaksossa ja Karibian rannikolla. Orjuuden poistaminen alkoi vuonna 1821 annetulla vapaussyntymislailla, mutta täydellinen vapautus säädettiin vasta vuonna 1851, ja se tuli voimaan 1. tammikuuta 1852.
Vapauden saavuttaneet mustat muuttivat toisinaan intiaaniyhteisöihin, mutta mustat ja zambot jäivät yhteiskunta-asteikon alimmaisiksi, ja niillä oli merkitystä vain työvoiman lähteenä. Toiset perustivat omia siirtokuntia lähinnä Tyynenmeren altaan asumattomille maille, joissa heitä kutsuttiin cimarroneiksi (marooniksi). Nämä alueet olivat hyvin epäterveellisiä, epäystävällisiä ja vaarallisia. Eräät kaupungit, kuten San Basilio de Palenque nykyisessä Bolívarin departementissa ja San José de Uré eteläisessä Córdobassa, pitivät kapinan historiaa yllä suullisissa perinteissään. Chocón alueella Tyynenmeren rannalla monet mustien yhteisöt pysyivät suhteellisen sekoittumattomina, luultavasti siksi, että alueella oli vain vähän valkoisia, ja intiaanit vastustivat yhä enemmän assimilaatiota.
Muilla alueilla, kuten San Andrés y Providenciassa tai Magdalenan laaksossa, mustien yhteisöissä oli huomattavaa valkoisten ja/tai intiaanien sekoittumista. Orjien jälkeläiset ovat säilyttäneet suhteellisen vähän afrikkalaista perintöään tai identiteettiään. Jotkin paikannimet ovat peräisin afrikkalaisista kielistä, ja joitakin orjien maahan tuomia perinteisiä soittimia käytetään kaikkialla maassa. Mustien yhteisöjen uskonto on edelleen kestävin linkki afrikkalaiseen menneisyyteen. Täysin mustat yhteisöt ovat häviämässä, ei ainoastaan siksi, että niiden asukkaat ovat muuttaneet kaupunkeihin, vaan myös siksi, että ympäröivä mestiso- ja valkoinen väestö on muuttanut mustien yhteisöihin. Lopullinen sulautuminen sekamiljööseen näyttää väistämättömältä. Lisäksi kun mustat ovat siirtyneet yhteiskunnan valtavirtaan sen reuna-alueilta, he ovat havainneet paremman koulutuksen ja työpaikkojen tarjoamat edut. Sen sijaan, että mustat olisivat muodostaneet järjestöjä edistääkseen etenemistään ryhmänä, he ovat suurimmaksi osaksi keskittyneet saavuttamaan liikkuvuutta yksilöllisillä ponnisteluilla ja sopeutumalla vallitsevaan järjestelmään.
Afro-kolumbialaiset ovat oikeutettuja kaikkiin perustuslaillisiin oikeuksiin ja suojeluun, mutta he kohtaavat edelleen merkittävää taloudellista ja sosiaalista syrjintää. Vuoden 2005 väestönlaskennan mukaan arviolta 74 prosenttia afrokolumbialaisista ansaitsi alle vähimmäispalkan. Chocó on departementti, jossa asuu eniten afrokolumbialaisia, mutta jossa sosiaaliset investoinnit asukasta kohti olivat alhaisimmat, ja se sijoittui viimeiselle sijalle koulutuksen, terveydenhuollon ja infrastruktuurin osalta. Se myös koki edelleen maan pahimpia poliittisia väkivaltaisuuksia, kun puolisotilaalliset joukot ja sissit kamppailivat departementin tärkeimpien huumeiden ja aseiden salakuljetuskäytävien hallinnasta.