Sedan självständigheten har både indianer och svarta fortsatt att befinna sig i utkanten av det nationella livet. Som grupp har dock de svarta blivit mer integrerade i det nationella samhället och har lämnat ett större avtryck i det av flera skäl. Amerindianerna var nya i de spanska|brittiska samhällsstrukturerna. Spanjorerna och britterna hade länge haft afrikaner som slavar och fann dem inte lika främmande som de indianer de mötte i Nya världen. Dessutom var det svårare för de svarta att bevara sin ursprungliga kultur eftersom de, till skillnad från ursprungsbefolkningen, inte kunde stanna inom sina egna samhällen och till en början inte hade möjlighet att dra sig tillbaka till isolerade områden. Dessutom kom de svarta från olika områden i Afrika, delade ofta inte samma språk eller kultur och var inte grupperade i organiserade sociala enheter vid ankomsten till Nya världen. Trots slavrevolter överlevde inget större samhälle av förrymda slavar i isolering för att bevara sitt afrikanska arv, som marionerna på Jamaica, med undantag för byn Palenque de San Basilio, belägen sydost om Cartagena, som var ett av de muromgärdade samhällen som kallas ”palenques” och som grundades av förrymda slavar som en tillflyktsort på 1600-talet. Av de många palenques som fanns förr i tiden är det bara den i San Basilio som har överlevt fram till i dag och utvecklats till ett unikt kulturellt rum.
Till sist, trots att de svarta slavarna befann sig längst ner på den sociala stegen, hade de ofta nära relationer – som hushållstjänstemän – med spanjorer och britter och utsattes därför för den spanska|brittiska kulturen i mycket större utsträckning än vad indianerna gjorde. De svarta blev således en del – om än en perifer del – av det colombianska samhället redan från början, och de anammade det sätt som spanjorerna och britterna tillät dem att leva och lärde sig deras språk. I slutet av kolonialtiden betraktade de svarta sig själva som colombianer och kände sig överlägsna indianerna, som officiellt hade en högre status, var nominellt fria och närmade sig den framväxande mestizo-mixen i fråga om hudfärg, ansiktsdrag och hårstruktur.
Många svarta lämnade slavstatusen tidigt i Colombias historia och blev en del av den fria befolkningen. Deras ägare gav friheten till vissa, andra köpte sin frihet, men förmodligen uppnådde det största antalet frihet genom att fly. Många slavar befriades till följd av revolter, särskilt i Cauca-dalen och längs den karibiska kusten. Avskaffandet av slaveriet började med en lag om fri födelse 1821, men den totala frigörelsen antogs först 1851 och trädde i kraft den 1 januari 1852.
De svarta som uppnådde frihet flyttade ibland in i indianska samhällen, men svarta och zambos förblev längst ner på den sociala skalan och var viktiga endast som arbetskraftskälla. Andra grundade egna bosättningar, främst i obebyggda områden i Stillahavsbäckenet där de kallades cimarrones (marraner). Dessa områden var mycket ohälsosamma, ogästvänliga och farliga. Ett antal städer, som San Basilio de Palenque i det nuvarande departementet Bolívar och San José de Uré i södra Córdoba, höll revoltens historia levande i sina muntliga traditioner. I Chocó-området, längs Stilla havet, förblev många av de svarta samhällena relativt oblandade, förmodligen på grund av att det fanns få vita i området och att indianerna blev alltmer motståndskraftiga mot assimilering.
I andra regioner, som San Andrés y Providencia eller Magdalena-dalen, hade de svarta samhällena en avsevärd inblandning av vita och/eller indianer. Slavarnas ättlingar har bevarat relativt lite av sitt afrikanska arv eller sin identifikation. Vissa ortnamn härstammar från afrikanska språk, och vissa traditionella musikinstrument som slavarna förde in i landet används i hela landet. Religionen i de svarta samhällena är fortfarande den mest hållbara länken till det afrikanska förflutna. Helt svarta samhällen har försvunnit, inte bara på grund av att invånarna har flyttat till städerna utan också på grund av att den omgivande mestizo- och vita befolkningen har flyttat in i de svarta samhällena. Det verkar oundvikligt att de så småningom absorberas av den blandade miljön. Dessutom har de svarta i takt med att de har flyttat in i samhällets huvudfåra från dess periferi fått fördelar i form av bättre utbildning och arbete. I stället för att bilda organisationer för att främja deras framsteg som grupp har de svarta för det mesta koncentrerat sig på att uppnå rörlighet genom individuell ansträngning och anpassning till det rådande systemet.
Afrocolombianer har rätt till alla konstitutionella rättigheter och skydd, men de fortsätter att utsättas för betydande ekonomisk och social diskriminering. Enligt folkräkningen 2005 tjänade uppskattningsvis 74 procent av afrokolombianerna mindre än minimilönen. Chocó, det departement med den högsta andelen afrokolombianer, hade den lägsta nivån av sociala investeringar per capita och rankades sist när det gäller utbildning, hälsovård och infrastruktur. Det fortsatte också att drabbas av några av landets värsta politiska våldsamheter, då paramilitärer och gerillasoldater kämpade om kontrollen över departementets viktigaste korridorer för narkotika- och vapensmuggling.