De la independență, atât amerindienii cât și negrii au continuat să locuiască la periferia vieții naționale. Cu toate acestea, ca grup, negrii s-au integrat mai mult în societatea națională și au lăsat o amprentă mai mare asupra acesteia din mai multe motive. Amerindienii erau noi pentru structurile sociale spaniole|britanice. Spaniolii și britanicii dețineau de mult timp africani ca sclavi și nu i-au considerat atât de străini precum amerindienii pe care i-au întâlnit în Lumea Nouă. În plus, negrilor le-a fost mai dificil să își mențină cultura originală deoarece, spre deosebire de indigeni, nu puteau rămâne în cadrul propriilor comunități și nu au avut inițial opțiunea de a se retrage în zone izolate. În plus, negrii proveneau din diferite zone ale Africii, adesea nu împărtășeau aceeași limbă sau cultură și nu au fost grupați în unități sociale organizate la sosirea în Lumea Nouă. În ciuda revoltelor sclavilor, nicio comunitate mare de sclavi evadați nu a supraviețuit în izolare pentru a-și păstra moștenirea africană, așa cum au făcut maronii din Jamaica, cu excepția satului Palenque de San Basilio, situat la sud-est de Cartagena, care a fost una dintre comunitățile cu ziduri numite „palenques”, fondate de sclavii evadați ca refugiu în secolul al XVII-lea. Dintre numeroasele palenques care au existat în trecut, doar cel din San Basilio a supraviețuit până în prezent și s-a dezvoltat într-un spațiu cultural unic.
În cele din urmă, în ciuda poziției lor pe ultima treaptă a scării sociale, sclavii negri au avut adesea relații apropiate – ca servitori casnici – cu spaniolii și britanicii și, prin urmare, au fost expuși culturii spaniole|britanice mult mai mult decât amerindienii. Astfel, negrii au devenit o parte – chiar dacă periferică – a societății columbiene încă de la început, adoptând obiceiurile spaniolilor|britanici care le erau permise și învățând limba acestora. Până la sfârșitul perioadei coloniale, negrii se considerau pe ei înșiși columbieni și se simțeau superiori amerindienilor, care oficial ocupau un statut mai înalt, erau nominal liberi și erau mai apropiați ca culoare a pielii, trăsături faciale și textură a părului de amestecul metisat emergent.
Mulți negri au părăsit statutul de sclav la începutul istoriei columbiene, devenind parte a populației libere. Proprietarii lor au acordat libertatea unora, alții și-au cumpărat libertatea, dar probabil cel mai mare număr a obținut libertatea prin evadare. Mulți sclavi au fost eliberați ca urmare a revoltelor, în special în valea Cauca și de-a lungul coastei Caraibelor. Eliminarea sclaviei a început cu o lege privind nașterea liberă în 1821, dar emanciparea totală a fost promulgată abia în 1851, devenind efectivă la 1 ianuarie 1852.
Cei dintre negrii care au obținut libertatea s-au mutat uneori în comunitățile amerindiene, dar negrii și zambii au rămas la baza scării sociale și erau importanți doar ca sursă de muncă. Alții și-au fondat propriile așezări, în principal în ținuturile nelocuite din bazinul Pacificului, unde au fost numiți cimarrones (maroni). Aceste regiuni erau foarte nesănătoase, inospitaliere și periculoase. Un număr de orașe, cum ar fi San Basilio de Palenque, în actualul departament Bolívar, și San José de Uré, în sudul Cordoba, au păstrat vie istoria revoltei în tradițiile lor orale. În zona Chocó, de-a lungul Pacificului, multe dintre comunitățile de negri au rămas relativ neamestecate, probabil pentru că erau puțini albi în zonă, iar amerindienii au devenit din ce în ce mai rezistenți la asimilare.
În alte regiuni, cum ar fi San Andrés y Providencia, sau valea Magdalena, comunitățile de negri aveau un amestec considerabil de albi și/sau amerindieni. Descendenții sclavilor au păstrat relativ puțin din moștenirea sau identificarea lor africană. Unele nume de locuri sunt derivate din limbile africane, iar unele instrumente muzicale tradiționale aduse în țară de către sclavi sunt folosite în întreaga țară. Religia din comunitățile de negri rămâne cea mai durabilă legătură cu trecutul african. Comunitățile complet negre au dispărut, nu numai pentru că locuitorii lor s-au mutat în orașe, ci și pentru că populațiile metisă și albă din jur s-au mutat în comunitățile negre. Absorbția în cele din urmă în mediul mixt pare inevitabilă. Mai mult decât atât, pe măsură ce negrii s-au mutat de la periferiile societății la curentul principal al acesteia, ei au perceput avantajele unei educații și ale unor locuri de muncă mai bune. În loc să formeze organizații pentru a promova avansarea lor ca grup, negrii s-au concentrat, în cea mai mare parte, pe obținerea mobilității prin efort individual și adaptare la sistemul predominant.
Afro-Columbienii au dreptul la toate drepturile și protecțiile constituționale, dar continuă să se confrunte cu o discriminare economică și socială semnificativă. Conform recensământului din 2005, se estimează că 74% dintre afro-columbieni câștigau mai puțin decât salariul minim. Chocó, departamentul cu cel mai mare procent de rezidenți afro-columbieni, a avut cel mai mic nivel de investiții sociale pe cap de locuitor și s-a clasat pe ultimul loc în ceea ce privește educația, sănătatea și infrastructura. De asemenea, a continuat să se confrunte cu unele dintre cele mai grave violențe politice din țară, în timp ce paramilitarii și gherilele se luptau pentru controlul coridoarelor cheie ale departamentului pentru contrabanda cu droguri și arme.
.