Siden uafhængigheden har både indianere og sorte fortsat opholdt sig i udkanten af det nationale liv. Som gruppe er de sorte dog blevet mere integreret i det nationale samfund og har sat et større præg på det af flere årsager. Amerindianerne var nye i de spanske|britiske samfundsstrukturer. Spanierne og briterne havde længe besiddet afrikanere som slaver og fandt dem ikke så fremmede som de indianere, de mødte i den nye verden. Desuden var det vanskeligere for de sorte at bevare deres oprindelige kultur, fordi de i modsætning til de indfødte ikke kunne forblive i deres egne samfund og i begyndelsen ikke havde mulighed for at trække sig tilbage til isolerede områder. Desuden kom de sorte fra forskellige områder i Afrika, delte ofte ikke det samme sprog eller den samme kultur og var ikke grupperet i organiserede sociale enheder ved ankomsten til den nye verden. På trods af slaveoprør overlevede intet stort samfund af undslupne slaver i isolation for at bevare sin afrikanske arv, som det var tilfældet med maroonerne på Jamaica, bortset fra landsbyen Palenque de San Basilio sydøst for Cartagena, som var et af de muromkransede samfund kaldet “palenques”, der blev grundlagt af undslupne slaver som et tilflugtssted i det 17. århundrede. Af de mange palenques, der eksisterede i tidligere tider, er det kun palenques i San Basilio, der har overlevet indtil i dag og udviklet sig til et unikt kulturelt rum.
Til trods af deres position på nederste trin på den sociale rangstige havde sorte slaver ofte tætte forbindelser – som tjenestefolk – med spaniere og briter og blev derfor udsat for spansk|britisk kultur i langt højere grad end indianerne. De sorte blev således en del – om end en perifer del – af det colombianske samfund fra begyndelsen, idet de overtog de måder, som spanierne|britterne tillod dem at leve på, og lærte deres sprog. Ved slutningen af kolonitiden betragtede de sorte sig selv som colombianere og følte sig overlegne i forhold til indianerne, som officielt havde en højere status, var nominelt frie og i hudfarve, ansigtstræk og hårstruktur var tættere på den fremvoksende mestizo-mix.
Mange sorte forlod slavestatus tidligt i Colombias historie og blev en del af den frie befolkning. Deres ejere tildelte nogle af dem frihed, andre købte deres frihed, men sandsynligvis opnåede det største antal frihed ved at flygte. Mange slaver blev befriet som følge af oprør, især i Cauca-dalen og langs den caribiske kyst. Afskaffelsen af slaveriet begyndte med en lov om frigørelse i 1821, men den totale frigørelse blev først vedtaget i 1851 og trådte i kraft den 1. januar 1852.
De sorte, der opnåede frihed, flyttede nogle gange ind i indianersamfund, men sorte og zambos forblev nederst på den sociale skala og var kun vigtige som arbejdskraft. Andre grundlagde deres egne bosættelser, hovedsagelig i ubeboede områder i Stillehavsbækkenet, hvor de blev kaldt cimarrones (maroons). Disse områder var meget usunde, ugæstfrie og farlige. En række byer, såsom San Basilio de Palenque i det nuværende departement Bolívar og San José de Uré i det sydlige Córdoba, holdt oprørshistorien i live i deres mundtlige traditioner. I Chocó-området langs Stillehavet forblev mange af de sorte samfund relativt ublandede, sandsynligvis fordi der var få hvide i området, og indianerne blev mere og mere modstandsdygtige over for assimilation.
I andre regioner, såsom San Andrés y Providencia eller Magdalena-dalen, havde de sorte samfund en betydelig blanding af hvide og/eller indianere. Efterkommere af slaver har bevaret relativt lidt af deres afrikanske arv eller identifikation. Nogle stednavne er afledt af afrikanske sprog, og nogle traditionelle musikinstrumenter, som slaverne bragte ind i landet, anvendes overalt i landet. Religionen i de sorte samfund er stadig den mest varige forbindelse til den afrikanske fortid. Helt sorte samfund er forsvundet, ikke kun fordi deres beboere er flyttet til byerne, men også fordi den omgivende mestizo- og hvide befolkning er flyttet ind i de sorte samfund. En eventuel optagelse i det blandede miljø synes uundgåelig. Desuden har de sorte, efterhånden som de har bevæget sig ind i samfundets hovedstrøm fra dets periferi, oplevet fordelene ved bedre uddannelse og job. I stedet for at danne organisationer for at fremme deres fremgang som gruppe har de sorte for det meste koncentreret sig om at opnå mobilitet gennem individuel indsats og tilpasning til det herskende system.
Afrocolombianere har ret til alle forfatningsmæssige rettigheder og beskyttelse, men de er fortsat udsat for betydelig økonomisk og social diskrimination. Ifølge folketællingen i 2005 anslås det, at 74 % af afrocolombianerne tjente mindre end mindstelønnen. Chocó, som er det departement med den højeste procentdel af afrocolombianske indbyggere, havde det laveste niveau af sociale investeringer pr. indbygger og lå sidst på listen med hensyn til uddannelse, sundhed og infrastruktur. Det fortsatte også med at opleve nogle af landets værste politiske voldshandlinger, da paramilitære grupper og guerillaer kæmpede om kontrollen med de centrale korridorer for narkotika- og våbensmugling i departementet.