Sinds de onafhankelijkheid zijn zowel de Amerindianen als de zwarten in de periferie van het nationale leven blijven vertoeven. Als groep zijn de zwarten echter meer in de nationale samenleving geïntegreerd en hebben zij er om verschillende redenen een grotere stempel op gedrukt. De Amerindianen waren nieuw in de Spaanse en Britse sociale structuren. De Spanjaarden en de Britten hadden al lang Afrikanen als slaven in hun bezit en vonden hen niet zo vreemd als de Amerindianen die zij in de Nieuwe Wereld aantroffen. Bovendien was het voor de zwarten moeilijker om hun oorspronkelijke cultuur te behouden omdat zij, in tegenstelling tot de inheemse bevolking, niet binnen hun eigen gemeenschappen konden blijven en aanvankelijk niet de mogelijkheid hadden om zich in geïsoleerde gebieden terug te trekken. Bovendien kwamen de zwarten uit verschillende streken van Afrika, deelden zij vaak niet dezelfde taal of cultuur, en waren zij bij hun aankomst in de Nieuwe Wereld niet in georganiseerde sociale eenheden ondergebracht. Ondanks slavenopstanden overleefde geen enkele grote gemeenschap van ontsnapte slaven geïsoleerd om haar Afrikaanse erfenis te bewaren, zoals de marrons in Jamaica, met uitzondering van het dorp Palenque de San Basilio, gelegen ten zuidoosten van Cartagena, dat één van de ommuurde gemeenschappen was die “palenques” werden genoemd en die in de zeventiende eeuw door ontsnapte slaven werden gesticht als toevluchtsoord. Van de vele palenques die vroeger bestonden, is alleen die van San Basilio tot op heden bewaard gebleven en heeft zich ontwikkeld tot een unieke culturele ruimte.
Ten slotte hadden zwarte slaven, ondanks hun positie op de onderste trede van de sociale ladder, vaak nauwe betrekkingen – als huisbedienden – met Spanjaarden en Britten en werden zij daardoor veel meer blootgesteld aan de Spaanse|Britse cultuur dan de Amerindianen. Aldus werden de zwarten vanaf het begin een deel – zij het een marginaal deel – van de Colombiaanse maatschappij, namen zij de gewoonten over van de Spanjaarden en Britten die hen waren toegestaan en leerden zij hun taal. Tegen het einde van de koloniale periode beschouwden de zwarten zichzelf als Colombianen en voelden zij zich superieur aan de Amerindianen, die officieel een hogere status hadden, nominaal vrij waren en qua huidskleur, gelaatstrekken en haartextuur dichter bij de opkomende mestizo mix stonden.
Veel zwarten verlieten al vroeg in de Colombiaanse geschiedenis de slavenstatus en gingen deel uitmaken van de vrije bevolking. Hun eigenaars kenden sommigen hun vrijheid toe, anderen kochten hun vrijheid, maar waarschijnlijk het grootste aantal bereikte de vrijheid door te ontsnappen. Veel slaven werden bevrijd als gevolg van opstanden, vooral in de Cauca-vallei en langs de Caribische kust. De afschaffing van de slavernij begon met een wet op de vrijheid van geboorte in 1821, maar de volledige emancipatie werd pas in 1851 van kracht en ging in op 1 januari 1852.
De zwarten die de vrijheid bereikten, trokken soms in bij Amerindiaanse gemeenschappen, maar zwarten en zambos bleven aan de onderkant van de maatschappelijke ladder en waren alleen belangrijk als bron van arbeidskrachten. Anderen stichtten hun eigen nederzettingen, voornamelijk in onbewoonde gebieden van het bekken van de Stille Oceaan, waar zij cimarrones (marrons) werden genoemd. Deze streken waren zeer ongezond, onherbergzaam en gevaarlijk. Een aantal steden, zoals San Basilio de Palenque in het huidige departement Bolívar, en San José de Uré in het zuiden van Córdoba, hielden de geschiedenis van de opstand levend in hun mondelinge tradities. In het Chocó gebied, langs de Stille Oceaan, bleven veel van de zwarte gemeenschappen relatief ongemengd, waarschijnlijk omdat er weinig blanken in het gebied waren, en de Amerindianen zich steeds meer verzetten tegen assimilatie.
In andere streken, zoals San Andrés y Providencia, of de Magdalena vallei, hadden zwarte gemeenschappen een aanzienlijke blanke en/of Amerindiaanse vermenging. Afstammelingen van slaven hebben relatief weinig van hun Afrikaanse erfenis of identificatie bewaard. Sommige plaatsnamen zijn afgeleid van Afrikaanse talen, en sommige traditionele muziekinstrumenten die door slaven in het land werden gebracht, worden in het hele land gebruikt. Religie in de zwarte gemeenschappen blijft de meest duurzame band met het Afrikaanse verleden. Volledig zwarte gemeenschappen zijn aan het verdwijnen, niet alleen omdat hun bewoners naar de steden zijn verhuisd, maar ook omdat de omringende mestiezen en blanken zich in de zwarte gemeenschappen hebben gevestigd. De uiteindelijke opneming in het gemengde milieu lijkt onvermijdelijk. Bovendien hebben de zwarten, naarmate zij zich van de periferie van de maatschappij naar de hoofdstroom hebben verplaatst, de voordelen van beter onderwijs en betere banen aangevoeld. In plaats van organisaties op te richten om hun vooruitgang als groep te bevorderen, hebben zwarten zich voor het grootste deel geconcentreerd op het bereiken van mobiliteit door individuele inspanningen en aanpassing aan het heersende systeem.
Afro-Colombianen hebben recht op alle grondwettelijke rechten en bescherming, maar ze worden nog steeds geconfronteerd met aanzienlijke economische en sociale discriminatie. Volgens de volkstelling van 2005 verdiende naar schatting 74 procent van de Afro-Colombianen minder dan het minimumloon. Chocó, het departement met het hoogste percentage Afro-Colombiaanse inwoners, had het laagste niveau van sociale investeringen per capita en stond op de laatste plaats wat betreft onderwijs, gezondheidszorg en infrastructuur. Het departement kende ook nog steeds het ergste politieke geweld van het land, omdat paramilitairen en guerrilla’s vochten om de controle over de belangrijkste drugs- en wapensmokkelcorridors van het departement.