El explorador Don Juan de Oñate y Salazar nació hacia 1550, probablemente en Zacatecas, México. Tras la derrota de su Armada en 1588, el rey español Felipe II, deseoso de restablecer el prestigio de su país y con la esperanza de repetir las hazañas de Hernán Cortés y Francisco Pizarro, ordenó al virrey de Nueva España que organizara una expedición para buscar y colonizar una rica civilización que se creía situada al norte de México. En 1595, el virrey eligió a Oñate para dirigir y financiar la expedición. Aparentemente la elección ideal, Oñate era el hijo de un rico propietario de minas de Zacatecas, y estaba casado con Isabel de Tolosa Cortés y Moctezuma, nieta de Cortés y bisnieta del último emperador azteca, Moctezuma.
A pesar del fracaso de Coronado en encontrar ciudades doradas medio siglo antes, Oñate creía que encontraría Gran Quivira. Su entrada en los actuales Estados Unidos se produjo en El Paso del Norte, en el Río Grande, en mayo de 1598. Dos meses más tarde estableció el Nuevo México español en el Pueblo de San Juan, en el norte del Valle del Río Grande. Pronto envió grupos de exploración hacia el oeste, en las cercanías de la actual Flagstaff, Arizona, y hacia el este, en las cercanías de la actual Amarillo, Texas.
En 1601 el propio Oñate dirigió una exploración para encontrar Quivira. En junio, su grupo siguió el río Canadian hacia el este a través del Panhandle de Texas, entrando en la actual Oklahoma al norte de Cheyenne y pasando por los condados de Woodward y Woods. A continuación, dirigió su grupo hacia el noreste, hacia los pueblos de Wichita, en la confluencia de los ríos Arkansas y Little Arkansas, cerca de la actual Wichita, Kansas. Al igual que Coronado, sólo encontró chozas de barro e indios americanos hostiles, y su decepcionada tropa regresó a Nuevo México.
Oñate realizó su expedición más ambiciosa en 1605, siguiendo el río Colorado desde cerca del Gran Cañón hasta el Golfo de California. A su regreso a Nuevo México, la colonia estaba desorganizada. En 1607, los continuos problemas y la creciente deuda hicieron que Oñate renunciara a la dirección de la colonia. En 1609 fue testigo de la fundación de Santa Fe, pero en 1613 viajó a la Ciudad de México para defenderse de las antiguas acusaciones de mala administración. Al final se le impuso una multa y fue desterrado de Nuevo México de por vida y de la ciudad de México durante cuatro años. Al poco tiempo regresó a España para limpiar su nombre. En 1620 ya era inspector real de minas. «El último conquistador» murió el 3 de junio de 1626 en España.