Od získání nezávislosti zůstávají indiáni i černoši na okraji národního života. Jako skupina se však černoši více integrovali do národní společnosti a zanechali v ní větší stopu, a to z několika důvodů. Američané byli ve španělských|britských společenských strukturách noví. Španělé a Britové dlouho vlastnili Afričany jako otroky a nepovažovali je za tak cizí jako indiány, s nimiž se setkali v Novém světě. Pro černochy bylo navíc obtížnější udržet si svou původní kulturu, protože na rozdíl od původních obyvatel nemohli zůstat ve svých komunitách a neměli zpočátku možnost stáhnout se do izolovaných oblastí. Černoši navíc pocházeli z různých oblastí Afriky, často neměli stejný jazyk ani kulturu a po příchodu do Nového světa nebyli sdruženi do organizovaných společenských jednotek. Navzdory vzpourám otroků žádná velká komunita uprchlých otroků nepřežila v izolaci, aby si uchovala své africké dědictví, jako to udělali marooni na Jamajce, s výjimkou vesnice Palenque de San Basilio nacházející se jihovýchodně od Cartageny, která byla jednou z opevněných komunit zvaných „palenques“, založených uprchlými otroky jako útočiště v 17. století. Z mnoha palenques, které existovaly v dřívějších dobách, se do dnešních dnů zachoval pouze ten v San Basilio, který se vyvinul v jedinečný kulturní prostor.
Koneckonců, navzdory svému postavení na spodních příčkách společenského žebříčku měli černí otroci často blízké vztahy – jako domácí sluhové – se Španěly a Brity, a byli proto vystaveni španělské|britské kultuře mnohem více než indiáni. Černoši se tak od počátku stávali součástí kolumbijské společnosti, i když jen okrajovou, přebírali způsoby, které jim Španělé a Britové dovolili, a učili se jejich jazyk. Na konci koloniálního období se černoši považovali za Kolumbijce a cítili se nadřazeni indiánům, kteří oficiálně zaujímali vyšší postavení, byli nominálně svobodní a barvou pleti, rysy obličeje a strukturou vlasů se blížili vznikající mestické směsi.
Mnoho černochů opustilo status otroků již na počátku kolumbijských dějin a stalo se součástí svobodného obyvatelstva. Některým z nich jejich majitelé svobodu udělili, jiní si ji koupili, ale pravděpodobně největší počet jich dosáhl svobody útěkem. Mnoho otroků bylo osvobozeno v důsledku povstání, zejména v údolí Cauca a na karibském pobřeží. Likvidace otroctví začala zákonem o svobodném narození v roce 1821, ale úplná emancipace byla uzákoněna až v roce 1851 a vstoupila v platnost 1. ledna 1852.
Ti černoši, kteří dosáhli svobody, se někdy stěhovali do indiánských komunit, ale černoši a zambos zůstávali na spodku společenského žebříčku a měli význam pouze jako zdroj pracovních sil. Jiní zakládali vlastní osady, hlavně v neosídlených zemích Tichomořské pánve, kde se jim říkalo cimarroni (marooni). Tyto oblasti byly velmi nezdravé, nehostinné a nebezpečné. Řada měst, jako například San Basilio de Palenque v dnešním departementu Bolívar nebo San José de Uré v jižní Córdobě, uchovávala historii vzpoury v ústní tradici. V oblasti Chocó podél Pacifiku zůstalo mnoho černošských komunit relativně nesmíšených, pravděpodobně proto, že v oblasti bylo málo bělochů a indiáni se stále více bránili asimilaci.
V jiných oblastech, jako je San Andrés y Providencia nebo údolí Magdalena, měly černošské komunity značnou příměs bělochů a/nebo indiánů. Potomci otroků si zachovali poměrně málo ze svého afrického dědictví nebo identifikace. Některá místní jména jsou odvozena z afrických jazyků a v celé zemi se používají některé tradiční hudební nástroje, které do země přivezli otroci. Nejtrvalejším pojítkem s africkou minulostí zůstává v černošských komunitách náboženství. Zcela černošské komunity zanikají nejen proto, že se jejich obyvatelé stěhují do měst, ale také proto, že se do černošských komunit stěhují okolní mestici a bělošské obyvatelstvo. Případné začlenění do smíšeného prostředí se zdá být nevyhnutelné. Navíc, jak se černoši stěhovali z periferie do hlavního proudu společnosti, vnímali výhody lepšího vzdělání a zaměstnání. Spíše než na vytváření organizací na podporu svého postupu jako skupiny se černoši z větší části soustředili na dosažení mobility prostřednictvím individuálního úsilí a přizpůsobení se převládajícímu systému.
Afrokolumbijci mají nárok na všechna ústavní práva a ochranu, ale nadále čelí značné ekonomické a sociální diskriminaci. Podle sčítání lidu z roku 2005 vydělávalo odhadem 74 % Afro-Kolumbijců méně než minimální mzdu. Chocó, departement s nejvyšším procentem afro-kolumbijských obyvatel, měl nejnižší úroveň sociálních investic na obyvatele a umístil se na posledním místě v oblasti vzdělávání, zdravotnictví a infrastruktury. Nadále zde také docházelo k nejhoršímu politickému násilí v zemi, protože polovojenské jednotky a guerilly bojovaly o kontrolu nad klíčovými koridory pro pašování drog a zbraní v departementu.
.