La regularidad de las calles y los edificios sugiere la influencia de la antigua planificación urbana en la construcción de Mohenjo-daro.
Mohenjo-daro tiene una disposición planificada con edificios rectilíneos dispuestos en un plano cuadriculado. La mayoría fueron construidos con ladrillos cocidos y morteros; algunos incorporaron ladrillos de barro secados al sol y superestructuras de madera.
Los emplazamientos eran a menudo elevados o construidos sobre colinas artificiales. Esto podría ser para combatir las inundaciones en las zonas cercanas. Otro aspecto de la arquitectura es que a menudo construían murallas alrededor de todas sus ciudades. Esto podría haber servido para varias necesidades diferentes. Muchos creen que las murallas se construyeron como estructuras defensivas, donde «las grandes e impresionantes obras de construcción pueden utilizarse para intimidar a los posibles atacantes (Trigger 1990),» . También era una característica obvia para mostrar que la ciudad era fuerte y poderosa al ser capaz de desviar recursos y mano de obra para hacer una estructura tan grande y no centrar toda su energía en la supervivencia. Este no era el único propósito de la muralla, se cree que también servía para protegerse de las inundaciones. También hay evidencias de un estrechamiento en la parte inferior de la muralla para alejar el agua de la ciudad.
La ciudad podía dividirse en dos secciones diferentes: una «acrópolis» superior y una «ciudad baja». La ciudad baja consistía en edificios residenciales de menor valor situados en el lado oriental de la ciudad, mientras que la acrópolis superior estaría en el lado occidental de la ciudad, que contenía los edificios de mayor valor y los edificios públicos. La acrópolis era un «paralelogramo de 400-500 yardas de norte a sur y de 200-300 yardas de este a oeste». También se pensaba que la zona de la acrópolis se construiría en la parte más alta del montículo de la ciudad, lo que mostraba que la importancia y el estatus de la zona era mucho mayor que el del resto. Otra característica que sugiere que la acrópolis era de mayor importancia es que las fortificaciones alrededor de la zona eran más grandes y fuertes que las del resto de la ciudad.
Ladrillo cortado de Chanhudaro (Pakistán); circa 2500-1900 a.C.; Royal Ontario Museum (Toronto, Canadá)