Nonostante la smilitarizzazione della città vecchia all’inizio degli anni ’70, nel tentativo di evitare che diventasse una vittima di guerra, dopo l’indipendenza della Croazia nel 1991 l’esercito popolare jugoslavo (JNA), ormai composto principalmente da serbi, attaccò la città. Il nuovo governo croato stabilì un avamposto militare nella città stessa. Il Montenegro, guidato dal presidente Momir Bulatović, e il primo ministro Milo Đukanović, salito al potere nella rivoluzione anti-burocratica e alleato di Slobodan Milošević in Serbia, dichiararono che Dubrovnik non doveva rimanere in Croazia perché sostenevano che storicamente non era mai stata parte di una Croazia indipendente, ma piuttosto più storicamente allineata alla storia costiera del Montenegro. Sia come sia, all’epoca la maggior parte dei residenti di Dubrovnik si era identificata come croata, con serbi autoidentificati che rappresentavano il 6,8% della popolazione.
Il 1 ottobre 1991 Dubrovnik fu attaccata dalla JNA con un assedio di Dubrovnik che durò per sette mesi. L’attacco di artiglieria più pesante fu il 6 dicembre con 19 morti e 60 feriti. Il numero delle vittime del conflitto, secondo la Croce Rossa croata, fu di 114 civili uccisi, tra cui il poeta Milan Milišić. I giornali stranieri sono stati criticati per aver posto più attenzione sui danni subiti dalla città vecchia che sulle vittime umane. Tuttavia, gli attacchi dell’artiglieria su Dubrovnik hanno danneggiato in qualche misura il 56% dei suoi edifici, dato che la storica città murata, patrimonio mondiale dell’UNESCO, ha subito 650 colpi di artiglieria. L’esercito croato tolse l’assedio nel maggio 1992 e liberò i dintorni di Dubrovnik alla fine di ottobre, ma il pericolo di attacchi improvvisi da parte della JNA durò per altri tre anni.
Dopo la fine della guerra, i danni causati dal bombardamento della città vecchia furono riparati. In conformità con le linee guida dell’UNESCO, le riparazioni furono eseguite nello stile originale. La maggior parte dei lavori di ricostruzione è stata fatta tra il 1995 e il 1999. Il danno inflitto può essere visto su una tabella vicino alla porta della città, che mostra tutti i colpi di artiglieria durante l’assedio, ed è chiaramente visibile dai punti alti intorno alla città sotto forma dei nuovi tetti dai colori più brillanti.
Il Tribunale penale internazionale per l’ex Jugoslavia (ICTY) ha emesso accuse per i generali e gli ufficiali della JNA coinvolti nel bombardamento. Il generale Pavle Strugar, che coordinò l’attacco alla città, fu condannato dal tribunale a sette anni e mezzo di prigione per il suo ruolo nell’attacco.
L’incidente del 1996 del CT-43 dell’USAF in Croazia, vicino all’aeroporto di Dubrovnik, uccise tutte le persone su un jet dell’aeronautica militare degli Stati Uniti, tra cui il segretario al commercio degli Stati Uniti Ron Brown, il capo dell’ufficio di Francoforte del New York Times Nathaniel C. Nash, e altre 33 persone.
Il generale Pavle Strugar, che coordinò l’attacco alla città, fu condannato dal tribunale ad una pena detentiva di sette anni e mezzo.