Questa sottosezione della sezione ‘Funzione’ fornisce informazioni relative ai cofattori. Un cofattore è qualsiasi sostanza non proteica necessaria affinché una proteina sia cataliticamente attiva. Alcuni cofattori sono inorganici, come gli atomi di metallo zinco, ferro e rame in vari stati di ossidazione. Altri, come la maggior parte delle vitamine, sono organici.
I cofattori sono generalmente legati strettamente ai siti attivi o possono legarsi liberamente all’enzima. Possono anche essere importanti per l’integrità strutturale, cioè se non sono presenti, l’enzima non si ripiega correttamente o diventa instabile.
La sottosezione ‘Cofattore’ è usata quando ioni e altri piccoli ligandi si legano all’enzima. Queste molecole di cofattore sono mappate agli identificatori ChEBI. Nel caso di multimeri, i cofattori possono essere legati o a una sola subunità dell’enzima o all’interfaccia. Nel primo caso, il cofattore è annotato solo per la subunità a cui si lega.
I substrati per una reazione (NAD, FAD, ATP) che sono elencati nella sottosezione attività catalitica non sono elencati come cofattori, ad eccezione dei rari casi in cui un enzima lega lo stesso tipo di molecola come substrato in un sito e come cofattore in altri siti.
Le seguenti sostanze non sono considerate cofattori:
– Sostanze ubiquitarie come l’acqua non sono considerate cofattori
– Ioni che fanno parte di domini di legame metallico ben descritti, come EF-hands.
Quando molecole alternative possono agire come cofattori nello stesso sito, esse sono elencate in un blocco di annotazione ‘Cofattore’. Solo le molecole che permettono più del 50% dell’attività massima sono menzionate, mentre le altre possono essere menzionate nel campo “Nota”.
Esempi: P00918, G3XD94
Quando la stechiometria precisa di un cofattore è nota, questa viene indicata nel campo “Nota”. In questi casi, viene creato solo un blocco di annotazione “Cofattore”.
Esempio: Q90240
Quando un enzima lega cofattori chimicamente diversi in siti diversi, c’è un blocco di annotazione ‘Cofattore’ per ogni sito.
Esempio: P38289
Quando un enzima lega un cofattore tramite un legame covalente, il nome del composto è indicato sotto ‘Cofattore’, mentre il nome della modifica è descritto sotto Modifiche post-traslazionali (Residuo modificato).
Esempi: P9WP55, B3QM53
Se ci sono informazioni sul cofattore specifiche per l’isoforma o per la catena, ci saranno blocchi di annotazione ‘Cofactor’ separati per ogni isoforma o catena.
Esempi: O15304, P26662
Se un cofattore è dimostrato non essere richiesto per l’attività, o troppo complesso per essere descritto con ChEBI, è possibile avere un blocco di annotazione ‘Cofattore’ che consiste solo in una “Nota”.
Esempi: A9CEQ7, Q9F1R6