Ha iniziato le operazioni nel 1901 come bacino di carenaggio, e ha continuato come struttura della marina fino al 1996, quando ha cessato le operazioni come risultato delle raccomandazioni della Base Realignment and Closure Commission del 1993. A quel tempo fu affittato alla Detyens Shipyards, Inc.
Originariamente designato come Navy Yard e poi come Naval Base, ebbe un grande impatto sulla comunità locale, l’area delle tre contee e l’intero Stato della Carolina del Sud.
Il cantiere produsse prima il cacciatorpediniere USS Tillman (DD-135), poi iniziò ad aumentare la produzione negli anni ’30. Un totale di 21 cacciatorpediniere furono assemblate presso la struttura navale.
Nel 1931, Ellicott Dredges consegnò la draga cutter da 20 pollici Orion ancora in funzione presso il vecchio Charleston Naval Shipyard.
Due delle più grandi navi mai costruite nel cantiere furono due cacciatorpediniere, USS Tidewater (AD-31) e USS Bryce Canyon (AD-36). Le chiglie di queste navi furono posate rispettivamente nel novembre 1944 e nel luglio 1945. Il picco di occupazione di 25.948 unità fu raggiunto nel luglio 1943.
Dopo la guerra, il cantiere fu responsabile delle riparazioni e delle modifiche dei sottomarini tedeschi catturati. Nell’aprile del 1948, il Segretario della Marina John L. Sullivan disse al rappresentante di Charleston Rivers e al senatore Burnet R. Maybank che la marina prevedeva che il CNSY diventasse un cantiere per la revisione dei sottomarini e che avrebbe chiesto uno stanziamento iniziale per un’unità di ricarica delle batterie.
Il primo sottomarino, USS Conger (SS-477), arrivò per la revisione nell’agosto 1948. Il cantiere si aspettava di revisionare circa 132 navi durante l’anno, e la sua forza lavoro si era stabilizzata a quasi 5.000 persone.
L’invasione nordcoreana della Corea del Sud nel giugno 1950 aumentò nuovamente la produzione. Nel 1951, il cantiere era tornato a oltre 8.000 dipendenti. In tutto, il cantiere attivò quarantaquattro navi e ne convertì ventisette per il servizio attivo della flotta durante la guerra di Corea.
I sottomarini continuarono ad essere costruiti negli anni ’60 insieme ai missili, e le revisioni dei sottomarini nucleari ebbero luogo tra cui USS Scorpion (SSN-589) nel 1962. Nel 1966, il cantiere completò il primo rifornimento di un sottomarino nucleare, USS Skipjack (SSN-585), e iniziò la sua prima revisione di un sottomarino FBM (Fleet Ballistic Missile), USS Thomas A. Edison (SSBN-610). Sono iniziati i lavori di approfondimento del bacino di carenaggio n. 2 per poter gestire i massicci sottomarini FBM e i cacciatorpediniere dotati di sonar”.
La struttura rimase un’importante installazione per tutta la guerra fredda come porto d’attracco per numerosi incrociatori, cacciatorpediniere, sottomarini d’attacco, sottomarini FBM, cacciatorpediniere e sottomarini della flotta atlantica degli Stati Uniti fino alla sua chiusura negli anni ’90 come risultato della fine della guerra fredda e della successiva azione della Commissione BRAC.