IcosaedricoModifica
La struttura icosaedrica è estremamente comune tra i virus. L’icosaedro consiste di 20 facce triangolari delimitate da 12 vertici quintupli e consiste di 60 unità asimmetriche. Così, un virus icosaedrico è composto da 60N subunità proteiche. Il numero e la disposizione dei capsomeri in un capside icosaedrico possono essere classificati usando il “principio di quasi-equivalenza” proposto da Donald Caspar e Aaron Klug. Come i poliedri di Goldberg, una struttura icosaedrica può essere considerata come costruita da pentameri ed esameri. Le strutture possono essere indicizzate da due interi h e k, con h ≥ 1 {displaystyle h\geq 1}
e k ≥ 0 {displaystyle k\geq 0}
; la struttura può essere pensata come se si prendesse h passi dal bordo di un pentamero, girando 60 gradi in senso antiorario, poi prendendo k passi per arrivare al pentamero successivo. Il numero di triangolazione T per il capside è definito come: T = h 2 + h ⋅ k + k 2 {displaystyle T=h^{2}+h\cdot k+k^{2}}
In questo schema, i capidi icosaedrici contengono 12 pentameri più 10(T – 1) esameri. Il numero T è rappresentativo della dimensione e della complessità dei capside. Esempi geometrici per molti valori di h, k e T possono essere trovati in List of geodesic polyhedra and Goldberg polyhedra.
Molte eccezioni a questa regola esistono: Per esempio, i poliomavirus e i papillomavirus hanno pentameri invece di esameri in posizioni esavalenti su un reticolo quasi-T=7. I membri della stirpe dei virus a doppio filamento di RNA, compresi i reovirus, i rotavirus e il batteriofago φ6 hanno capidi costruiti con 120 copie di proteina del capside, corrispondenti a un capside “T=2”, o probabilmente un capside T=1 con un dimero nell’unità asimmetrica. Allo stesso modo, molti piccoli virus hanno un capside pseudo-T=3 (o P=3), che è organizzato secondo un reticolo T=3, ma con polipeptidi distinti che occupano le tre posizioni quasi equivalenti
I numeri T possono essere rappresentati in modi diversi, per esempio T = 1 può essere rappresentato solo come un icosaedro o un dodecaedro e, a seconda del tipo di quasi-simmetria, T = 3 può essere presentato come un dodecaedro troncato, un icosidodecaedro, o un icosaedro troncato e i loro rispettivi doppi un icosaedro triakis, un triacontaedro rombico, o un dodecaedro pentakis
ProlateEdit
Un icosaedro allungato è una forma comune per le teste dei batteriofagi. Tale struttura è composta da un cilindro con un cappuccio ad entrambe le estremità. Il cilindro è composto da 10 facce triangolari allungate. Il numero Q (o Tmid), che può essere qualsiasi numero intero positivo, specifica il numero di triangoli, composti da subunità asimmetriche, che compongono i 10 triangoli del cilindro. I tappi sono classificati dal numero T (o Tend).
Il batterio E. coli è l’ospite del batteriofago T4 che ha una struttura a testa prolata. La proteina gp31 codificata dal batteriofago sembra essere funzionalmente omologa alla proteina chaparone GroES dell’E. coli e in grado di sostituirla nell’assemblaggio dei virioni del batteriofago T4 durante l’infezione. Come GroES, gp31 forma un complesso stabile con la chaperonina GroEL che è assolutamente necessaria per il ripiegamento e l’assemblaggio in vivo della proteina gp23 del capside principale del batteriofago T4.
HelicalEdit
Molti virus vegetali a forma di asta e filamentosi hanno capidi con simmetria elicoidale. La struttura elicoidale può essere descritta come un insieme di n eliche molecolari 1-D collegate da una simmetria assiale a n pieghe. Le trasformazioni elicoidali sono classificate in due categorie: sistemi elicoidali monodimensionali e bidimensionali. La creazione di un’intera struttura elicoidale si basa su un insieme di matrici traslazionali e rotazionali che sono codificate nella banca dati delle proteine. La simmetria elicoidale è data dalla formula P = μ x ρ, dove μ è il numero di unità strutturali per giro dell’elica, ρ è l’aumento assiale per unità e P è il passo dell’elica. La struttura è detta aperta per la caratteristica che qualsiasi volume può essere racchiuso variando la lunghezza dell’elica. Il virus elicoidale più conosciuto è il virus del mosaico del tabacco. Il virus è una singola molecola di (+) filamento di RNA. Ogni proteina del mantello all’interno dell’elica lega tre nucleotidi del genoma RNA. I virus dell’influenza A differiscono per il fatto che comprendono più ribonucleoproteine, la proteina NP virale organizza l’RNA in una struttura elicoidale. Anche la dimensione è diversa; il virus del mosaico del tabacco ha 16,33 subunità proteiche per giro elicoidale, mentre il virus dell’influenza A ha un’ansa di coda di 28 aminoacidi.