La néoténie a été observée chez de nombreuses autres espèces. Il est important de noter la différence entre la néoténie partielle et la néoténie complète lorsque l’on s’intéresse à d’autres espèces, afin de distinguer les traits juvéniles qui sont avantageux à court terme et les traits qui sont bénéfiques tout au long de la vie de l’organisme ; cela pourrait permettre de comprendre la cause de la néoténie chez une espèce. La néoténie partielle est la conservation de la forme larvaire au-delà de l’âge habituel de maturation, avec un développement sexuel possible (progénèse) et une maturation éventuelle vers la forme adulte ; c’est le cas chez Lithobates clamitans. La néoténie complète est observée chez Ambystoma mexicanum et certaines populations d’Ambystoma tigrinum, qui restent sous forme larvaire toute leur vie. Lithobates clamitans est partiellement néotène ; il retarde sa maturation pendant la saison hivernale parce que moins de ressources sont disponibles, et il peut trouver les ressources existantes plus facilement à l’état larvaire. Cela englobe les deux principales causes de la néoténie ; l’énergie requise pour survivre en hiver en tant qu’adulte nouvellement formé est trop importante, et l’organisme présente donc des caractéristiques néotènes jusqu’à ce qu’il puisse mieux survivre en tant qu’adulte. Ambystoma tigrinum conserve sa néoténie pour une raison similaire ; toutefois, cette conservation est permanente en raison du manque de ressources disponibles tout au long de sa vie. C’est un autre exemple de cause environnementale de la néoténie. Plusieurs espèces aviaires, comme les manakins Chiroxiphia linearis et Chiroxiphia caudata, présentent une néoténie partielle. Les mâles de ces deux espèces conservent leur plumage juvénile jusqu’à l’âge adulte et le perdent lorsqu’ils sont pleinement matures. Chez certaines espèces d’oiseaux, la conservation du plumage juvénile est liée à la période de mue de chaque espèce. Pour éviter tout chevauchement entre les périodes de mue et d’accouplement, les oiseaux peuvent présenter une néoténie partielle du plumage ; les mâles n’atteignent pas leur plumage adulte brillant avant que les femelles ne soient prêtes à s’accoupler. La néoténie est présente parce que les mâles n’ont pas besoin de muer tôt et que tenter de s’accoupler avec des femelles immatures serait inefficace sur le plan énergétique.
La néoténie est couramment observée chez les insectes incapables de voler, comme les femelles de l’ordre des Strepsiptera. L’absence de vol chez les insectes a évolué séparément à plusieurs reprises ; les facteurs qui ont pu contribuer à l’évolution séparée de l’absence de vol sont la haute altitude, l’isolement géographique (îles) et les basses températures. Dans ces conditions environnementales, la dispersion serait désavantageuse ; la chaleur se perd plus rapidement par les ailes dans les climats plus froids. Les femelles de certains groupes d’insectes deviennent sexuellement matures sans métamorphose, et certaines ne développent pas d’ailes. L’absence de vol chez certains insectes femelles a été associée à une fécondité plus élevée. Les pucerons sont un exemple d’insectes qui peuvent ne jamais développer d’ailes, en fonction de leur environnement. Si les ressources sont abondantes sur une plante hôte, ils n’ont pas besoin de développer des ailes et de se disperser. Si les ressources diminuent, leur progéniture peut développer des ailes pour se disperser vers d’autres plantes hôtes.
Deux environnements qui favorisent la néoténie sont les hautes altitudes et les températures fraîches, car les individus néoténiques ont une meilleure fitness que les individus qui se métamorphosent en une forme adulte. L’énergie requise pour la métamorphose nuit à la condition physique de l’individu, et les individus néoténiques peuvent utiliser plus facilement les ressources disponibles. Cette tendance est observée dans une comparaison d’espèces de salamandres à des altitudes plus basses et plus élevées ; dans un environnement frais de haute altitude, les individus néoténiques survivent davantage et sont plus féconds que ceux qui se métamorphosent en adultes. Les insectes des environnements plus frais ont tendance à présenter une néoténie en vol car les ailes ont une surface élevée et perdent rapidement de la chaleur ; il est désavantageux pour les insectes de se métamorphoser en adultes.
De nombreuses espèces de salamandres, et les amphibiens en général, présentent une néoténie environnementale. L’axolotl et l’olm sont des espèces de salamandres qui conservent leur forme aquatique juvénile tout au long de l’âge adulte, exemples de néoténie complète. Les branchies sont une caractéristique juvénile commune chez les amphibiens qui sont conservés après la maturation ; les exemples sont la salamandre tigrée et le triton à peau rugueuse, qui conservent tous deux des branchies à l’âge adulte.
Les bonobos partagent de nombreuses caractéristiques physiques avec les humains, notamment des crânes néoténiques. La forme de leur crâne ne change pas à l’âge adulte (elle augmente seulement en taille), en raison du dimorphisme sexuel et d’un changement évolutif dans le calendrier du développement. Les juvéniles sont devenus sexuellement matures avant que leur corps ne se soit complètement développé à l’âge adulte et, en raison d’un avantage sélectif, la structure néoténique du crâne est restée.
Dans certains groupes, comme les familles d’insectes Gerridae, Delphacidae et Carabidae, les coûts énergétiques entraînent la néoténie ; de nombreuses espèces de ces familles ont de petites ailes néoténiques ou n’en ont pas du tout. Certaines espèces de grillons perdent leurs ailes à l’âge adulte ; dans le genre Ozopemon, les mâles (que l’on pense être le premier exemple de néoténie chez les coléoptères) sont nettement plus petits que les femelles en raison de la consanguinité. Chez le termite Kalotermes flavicollis, la néoténie est observée chez les femelles en mue.
Dans d’autres espèces, comme la salamandre du Nord-Ouest (Ambystoma gracile), les conditions environnementales – la haute altitude, dans ce cas – provoquent la néoténie. La néoténie est également présente chez quelques espèces de la famille des crustacés Ischnomesidae, qui vivent dans les eaux océaniques profondes.