Entéropathogènes associés aux maladies diarrhéiques chez les nourrissons des zones urbaines pauvres de Porto Velho, Rondônia : une étude préliminaire

Entéropathogènes associés aux maladies diarrhéiques chez les nourrissons des zones urbaines pauvres de Porto Velho, Rondônia : une étude préliminaire

Vol. 96(5) : 621-625, Jul 2001

Patrícia Puccinelli Orlandi+, Tatiane Silva, Gleiciene Felix Magalhães, Fabiana Alves, Roberto Penna de Almeida Cunha, Rui Durlacher, Luiz Hildebrando Pereira da Silva

Centro de Pesquisa em Medicina Tropical, Rodovia BR 364, km 4.5, 78970-900 Porto Velho, RO, Brasil

Plus de cent trente cas de diarrhée et 43 témoins appariés selon l’âge, âgés de 0 à 5 ans, ont été étudiés dans une unité ambulatoire pédiatrique d’une zone périurbaine pauvre de Porto Velho, Rondônia. Quatre-vingt pour cent des cas de diarrhée ont été observés dans les groupes de moins de 2 ans. Le rotavirus (19,2 %) était l’entéropathogène le plus fréquemment associé à la diarrhée, suivi par Shigella flexneri (6,15 %) et S. sonnei (1,5 %) et Salmonella sp. (6,9 %). Quatre cas d’infections entérotoxiques à E. coli (3,1%), d’infections entéropathogènes à E. coli (EPEC) (2,3%), un cas d’infection entéro-invasive à E. coli (0,8%) et un cas de Yersinia enterocolitica (0,8%) ont également été identifiés. Les infections mixtes étaient fréquentes, associant rotavirus, EPEC et Salmonella sp. à Entamoeba histolytica et Giardia lamblia.

Mots clés : maladie diarrhéique – entéropathogènes – infections à rotavirus – épidémiologie – Rondônia – Brésil

La maladie diarrhéique est responsable d’une estimation annuelle de cinq millions de décès chez les nourrissons de moins de 5 ans dans le monde entier (Georges et al. 1984). Les principaux facteurs de risque de la morbi-mortalité de la diarrhée sont bien connus et sont liés à la mauvaise qualité de vie, au manque d’assainissement et d’approvisionnement en eau potable pour la plupart de la population vivant dans les zones pauvres des pays en développement.

Les rapports montrent que la diarrhée est présente comme une maladie infantile importante dans de nombreuses régions des pays d’Amérique latine et représente plus de 20% de la mortalité infantile (Bern et al. 1992). Au Brésil, la maladie diarrhéique est présente dans tout le pays et représente encore une cause majeure de mortalité infantile dans les zones périurbaines et rurales les plus pauvres des régions du Nord-Est et du Nord (Guerrant & Kirchhoff 1983).

Une étude longitudinale réalisée de 1990 à 1992 dans la ville de Belém, dans l’est de l’Amazonie, a donné des taux de 5,9 épisodes de diarrhée par enfant/an (Linhares 1997).

Des données moins récentes provenant de Fortaleza, dans la région Nord-Est du pays, ont montré que le nombre d’épisodes diarrhéiques dans le groupe d’âge de 6 à 12 mois dépasse 7 et 9 par personne/an parmi les familles des zones urbaines et rurales pauvres, respectivement, diminuant progressivement à deux épisodes par personne chez les adultes (Guerrant & Kirchhoff 1983). A ce jour, aucune enquête n’a été réalisée à Rondônia ainsi que dans la région amazonienne occidentale dans le but d’établir l’incidence des maladies diarrhéiques, cependant, les dossiers des services de santé officiels indiquent que la diarrhée est la principale cause de mortalité chez les enfants de 0 à 5 ans (Plano Plurianual de Saúde de Rondônia 1996).

Plusieurs études ont été développées dans les régions du Sud et du Sud-Est du Brésil afin d’identifier les agents étiologiques associés à la diarrhée, ainsi que pour évaluer les caractéristiques épidémiologiques et cliniques de la maladie (Riley et al. 1984, Trabulsi et al. 1985a, Gomes et al. 1991). Quelques études ont été réalisées dans la région du Nord-Est, notamment à Fortaleza (Guerrant & Kirchhoff 1983) et à Recife (Leal et al. 1988). Aucune étude n’a été réalisée dans la région nord de l’Amazonie, au Brésil, à l’exception d’études spécifiques sur le rotavirus à Belém.

Nous présentons ici des données préliminaires sur l’étiologie et les caractéristiques cliniques de la diarrhée chez les nourrissons de 0 à 5 ans, vivant dans une zone urbaine pauvre, qui ont été référés à une unité pédiatrique, ambulatoire à Porto Velho, Rondônia (région amazonienne occidentale). Les fréquences relatives des entéropathogènes sont similaires à celles décrites dans la région du Nord-Est du Brésil.

MATÉRIELS ET MÉTHODES

RÉSULTATS

DISCUSSION

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REMERCIEMENTS

MATÉRIEL ET MÉTHODES

Zone d’étude -. L’étude a été réalisée entre juillet 1998 et mars 1999 par le personnel du « Centro de Pesquisa em Medicina Tropical (CEPEM) », Porto Velho, dans l’unité de santé ambulatoire « Policlínica Hamilton Gondin ». Porto Velho, la capitale, a connu une augmentation significative de sa population au cours des trois dernières décennies, résultant de la migration de différentes régions du Brésil suite à la construction de la route « BR364 » qui relie la ville aux régions du centre et du sud du pays. La population actuelle de la ville est d’environ 200 000 habitants. La ville a un design géométrique moderne mais ne dispose pas d’un système d’assainissement adéquat. La « Policlínica » est située dans la périphérie nord de la ville, qui est pauvre. L’approvisionnement en eau potable est limité à une faible proportion de résidences âgées et le réseau d’égouts est absent, chaque maison ayant des toilettes à fosse.

Vue d’ensemble de l’étude – Cent trente nourrissons âgés de 0 à 5 ans ont été amenés par leurs mères à la « Policlínica » en raison d’une maladie diarrhéique ; en outre, 43 nourrissons témoins non diarrhéiques appariés en âge provenant de la « Policlínica » ont été sélectionnés pour l’étude. Les pédiatres du CEPEM ont interrogé les adultes accompagnateurs, obtenu un consentement éclairé écrit, rempli un questionnaire et effectué un examen physique. Une attention particulière a été accordée à l’historique des symptômes, au nombre d’épisodes de diarrhée, à la fièvre (température axillaire > 37o.8), aux vomissements, à la déshydratation et à la présence de mucus et de sang dans les selles.

Méthodes de laboratoire – Les échantillons fécaux ont été recueillis soit après évacuation naturelle, soit par stimulation avec un suppositoire de glycérine. Les échantillons ont été divisés en deux fractions : une fraction a été utilisée pour l’examen parasitologique et la recherche de rotavirus à l’aide du kit Slidex (Biomerieux). La seconde aliquote a été mise en culture selon les procédures bactériologiques standard. En bref, environ 3 g de selles ont été mis en suspension dans 3 ml de PBS et placés sur les milieux sélectifs suivants : MacConkey, SS et gélose verte brillante (après enrichissement dans un bouillon tétrathionate contenant 40 µg/ml de novobiocine) pour l’isolement et l’identification des bactéries entéropathogènes suivantes : Escherichia coli entéropathogène (EPEC), E. coli entérohémorragique (producteur de toxine de type Shiga) (EHEC), E. coli entéroinvasif (EIEC), Shigella, Salmonella sp, Yersinia species, Campylobacter jejuni et C. coli. Les plaques ont été incubées à 37oC pendant 24-48 h, à l’exception de celles utilisées pour identifier les espèces de Campylobacter ; celles-ci ont été détectées à l’aide de plaques avec Skirrow modifié, suivies d’une incubation à 42oC pendant 48 h dans un bocal Gaspak.

Cinq colonies positives typiques d’E. coli et une colonie négative au lactose de différents types morphologiques ont été cultivées sur des plaques de gélose MacConkey ainsi que des colonies positives et négatives au lactose isolées sur des plaques de gélose SS et vert brillant ont été identifiées par des tests biochimiques à l’aide d’un kit EPM millicitrate (ProBac, Brasil). Les colonies ressemblant à des espèces de Campylobacter, se développant sur des plaques modifiées de Skirrow, ont été soumises à une coloration de Gram et à des tests de catalase et d’oxydase pour confirmer le genre. Les souches d’E. coli isolées sur la gélose MacConkey ont été soumises à des tests d’agglutination sur lame en utilisant des sérums polyvalents contre les sérogroupes A, B et C de l’EPEC. Les isolats non agglutinants ont été testés avec un antisérum contre le sérogroupe O157 de l’EHEC et avec des antisérums polyvalents contre les sérogroupes A et B de l’EIEC. Les isolats identifiés par des tests biochimiques comme étant des espèces de Shigella et de Yersinia ont été sérotypés par des techniques standard. Les antisérums disponibles dans le commerce de ProBac et Promicro (São Paulo) ont été utilisés pour la détermination des sérotypes.

Les isolats d’E. coli n’appartenant pas aux sérotypes EPEC, EHEC ou EIEC ont été testés pour la production d’entérotoxine thermolabile (LT), et d’entérotoxine thermostable (ST) par PCR. Les amorces utilisées (Tornieporth et al. 1995) sont complémentaires aux positions suivantes :

59 à 76 (ET-LT1,5’GCGACAAATTATACCGTGCT3′)

765 à 746 (ET-LT2,5’GCGACAAATTATACCGTGCT3′)

79 à 98 (ET-ST1,5’CTGTATTGTCTTTTTCACCT3′) et

260 à 241 (ET-ST2, 5’GCACCCGGTACAAGCAGGAT3′).

L’amplification a été réalisée par 30 cycles dans un thermocycleur Perkin-Elmer, comme suit : dénaturation pendant 2 min à 92ºC, recuit pendant 1 min à 50oC, et extension pendant 2 min à 72ºC. Le processus d’amplification a été terminé par une extension de 5 min à 72ºC, et les tubes ont été rapidement refroidis à 4oC. Quinze µl de chaque échantillon ont été soumis à une électrophorèse sur un gel d’agarose coloré au bromure d’éthidium à 2% à 100V pendant 2 h pour visualiser le produit de la PCR.

RÉSULTATS

Distribution par groupe d’âge de la maladie diarrhéique – Une incidence nettement plus élevée dans les groupes d’âge de 0 à 2 ans dans la « Policlínica » a été observée parmi les 130 cas de maladie diarrhéique. Les nourrissons de moins d’un an étaient particulièrement touchés, représentant 62 cas (47,7%), dont 28 (21,4%) avaient moins de 6 mois (tableau I).

Prévalence des entéropathogènes – Parmi les 130 cas de maladie diarrhéique, les examens de laboratoire se sont révélés négatifs pour les bactéries entéropathogènes et le rotavirus chez 16 nourrissons. Le tableau II montre la répartition des agents pathogènes trouvés dans les selles de 53 nourrissons atteints de diarrhée (40,7 %) et dans 2 témoins (4,6 %). Le rotavirus était l’agent pathogène le plus fréquemment trouvé (19,2 % des cas de diarrhée et 2,4 % des témoins). Des espèces de Shigella ont été trouvées dans 10 cas (7,7 %) et pas chez les témoins, avec une fréquence élevée de S. flexneri (8/10) par rapport à S. sonnei (2/10). Salmonella sp. a été trouvée dans 9 cas (6,9% des cas de diarrhée et 1 témoin – 2,4%). ETEC a été trouvé dans 4 cas de diarrhée, tous ayant des entérotoxines LT et ST. EPEC a été trouvé dans 3 cas de diarrhée (2 E. coli O111 et 1 E. coli O125). Un cas avec EIEC et un avec Y. enterocolitica ont été identifiés parmi les enfants diarrhéiques. Campylobacter a été trouvé soit chez les cas diarrhéiques, soit chez les témoins. Les examens parasitologiques ont montré dans 8 cas de maladie diarrhéique des kystes d’E. histolytica. Des kystes de G. lamblia ont été trouvés dans 19 cas de diarrhée et chez 4 témoins. Les infections mixtes étaient relativement fréquentes avec la répartition suivante : 2 cas d’infections par S. flexneri et rotavirus ; 3 cas d’infections impliquant Salmonella sp. et G. lamblia, et 2 cas d’infection concomitante par EPEC et E. histolytica.

Distribution des âges – La distribution par groupe d’âge des différents entéropathogènes trouvés en association avec les 114 cas de maladie diarrhéique est présentée dans la figure. Comme déjà indiqué dans le tableau I, 80,5% des épisodes diarrhéiques sont survenus dans des groupes d’âge inférieurs à 2 ans. Les taux de positivité du rotavirus sont également élevés chez les nourrissons de moins d’un an, ainsi que dans le groupe d’âge de 1 à 2 ans. D’autres agents pathogènes sont distribués par tous les groupes d’âge, mais leurs fréquences correspondantes ne peuvent être définies compte tenu du faible nombre de cas de diarrhée observés chez les enfants de plus de 2 ans.

Caractéristiques épidémiologiques et cliniques – Alors que tous les pathogènes bactériens ont été retrouvés de manière égale dans les cas de diarrhée tout au long de la période d’étude, le nombre de cas positifs au rotavirus, 70%, étaient plus élevés dans la période octobre-février (saison des pluies) que celle entre mai et septembre (saison sèche). Les signes et symptômes cliniques relevés par les pédiatres à l’admission sont résumés dans le tableau III ; les informations fournies par les adultes accompagnateurs concernant les vomissements sont également incluses. On a constaté que la fièvre était plus fréquente dans les infections à rotavirus (60 % c2 14,85, P= 0,011, 5df) que la présence de sang dans les selles était une constatation courante dans les cas d’infections à S. sonnei (80 % c2 36,45, P= 0,00001 5df) ainsi que la survenue de vomissements (c2 18,84, P=0,002). La présence de mucus dans les selles a été observée dans tous les cas de diarrhée indépendamment de l’étiologie.

DISCUSSION

Dans la présente étude, 130 cas de diarrhée et 43 témoins appariés selon l’âge dans le groupe d’âge de 0 à 5 ans ont été étudiés dans une unité ambulatoire pédiatrique de la zone périurbaine de Porto Velho. Les cas de diarrhée étaient concentrés dans les groupes d’âge inférieurs à 2 ans (80%), ce qui suggère le développement progressif de l’immunité contre les entéropathogènes. Cependant, comme les cas de diarrhée ont été détectés passivement, l’habitude parentale et sociale d’accorder une attention accrue aux jeunes enfants peut expliquer en partie le biais observé dans la répartition des cas par âge. Une enquête longitudinale réalisée à Fortaleza, dans laquelle une recherche active de cas diarrhéiques a été effectuée, une distribution d’âge similaire a été observée (Guerrant & Kirchhoff 1983) ce qui confirme un rôle important de l’immunité pour expliquer le profil de distribution d’âge.

En ce qui concerne les entéropathogènes associés dans les épisodes diarrhéiques, il a été trouvé dans l’échantillon de Porto Velho une forte prévalence de rotavirus (19,2% des cas de diarrhée et 2,4% des contrôles).

Le rotavirus est l’entéropathogène le plus fréquemment retrouvé dans les trois régions étudiées (environ 20%). A Porto Velho, comme déjà observé à São Paulo (Trabulsi et al. 1985) et à Belém (Linhares 1997), le rotavirus est plus fréquemment associé à la fièvre (60% des cas à Porto Velho).

L’ETEC était le sous-groupe le plus fréquent d’E. coli associé à la diarrhée dans l’enquête de Guerrants à Fortaleza, alors qu’il était responsable d’une proportion plus faible de patients dans l’enquête de Trabulsi à São Paulo (Trabulsi et al. 1985b) et dans la présente enquête à Porto Velho. Alors que les souches d’E. coli positives pour la toxine LT ont toujours été trouvées dans les échantillons de São Paulo et de Fortaleza, les toxines LT et ST ont été trouvées dans les quatre isolats ETEC de Porto Velho.

Les infections à Salmonella et Shigella, rares dans les enquêtes de São Paulo (Gomes et al. 1991), sont plus fréquentes dans le Nord-Est (Guerrant & Kirchhoff 1983) et à Porto Velho, où elles étaient associées respectivement à 6,9 % et 7,7 % des épisodes de maladies diarrhéiques. Les infections à Shigella, tout aussi fréquentes dans d’autres pays en voie de développement comme l’Afrique du Sud (Scragg et al. 1978), le Mexique (Munhoz et al. 1979) et le Bangladesh (Stool et al. 1982) sont responsables des formes les plus sévères de diarrhée et, dans l’échantillon de Porto Velho, étaient fréquemment associées à des vomissements (90%) et à la présence de sang dans les selles (80%), indiquant une atteinte grave de la muqueuse intestinale.

Aucun cas d’infection par l’espèce Campylobacter n’a été détecté dans les cas de diarrhée à Porto Velho, alors que cet entéropathogène est fréquemment observé à São Paulo (Gomes et al. 1991). Un cas de diarrhée associé à Y. enterocolitica a été observé dans l’échantillon de Porto Velho. Bien que déjà décrit dans des cas de diarrhée à Rio de Janeiro, Y. enterocolytica, a été rarement trouvé dans d’autres régions. Il est à noter qu’elle est fréquemment associée à la diarrhée au Canada, ce qui suggère une meilleure adaptation de cette espèce à l’environnement froid.

En conclusion, la présente enquête a montré que la distribution des entéropathogènes associés à la diarrhée à Porto Velho est similaire à celle observée dans les régions du nord-est et de l’est de l’Amazonie dans l’État du Pará. Aussi, certaines particularités observées dans cette étude, soulèvent l’intérêt de poursuivre les recherches sur les entéropathogènes dans l’ouest de l’Amazonie visant à mieux identifier les groupes, sous-groupes et variantes des pathogènes viraux et bactériens présents dans la région et les informations sur la résistance aux antibiotiques.

REMERCIEMENTS

Au Dr Luiz Rachid Trabulsi, Instituto Butantã, pour ses précieux commentaires et pour avoir lu le manuscrit original.

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Figure | Tableau I | Tableau II | Tableau III

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