Malgré la démilitarisation de la vieille ville au début des années 1970 dans le but d’éviter qu’elle ne devienne un jour une victime de la guerre, après l’indépendance de la Croatie en 1991, l’Armée populaire yougoslave (JNA), composée alors principalement de Serbes, a attaqué la ville. Le nouveau gouvernement croate a installé un avant-poste militaire dans la ville même. Le Monténégro, dirigé par le président Momir Bulatović et le premier ministre Milo Đukanović, arrivés au pouvoir dans le cadre de la révolution antibureaucratique et alliés à Slobodan Milošević en Serbie, ont déclaré que Dubrovnik ne devait pas rester dans le giron de la Croatie car, selon eux, elle n’a jamais fait partie d’une Croatie indépendante, mais s’inscrit plutôt dans l’histoire côtière du Monténégro. Quoi qu’il en soit, à l’époque, la plupart des résidents de Dubrovnik avaient fini par s’identifier comme Croates, les Serbes auto-identifiés représentant 6,8 % de la population.
Le 1er octobre 1991, Dubrovnik a été attaquée par la JNA avec un siège de Dubrovnik qui a duré sept mois. L’attaque d’artillerie la plus lourde a eu lieu le 6 décembre avec 19 personnes tuées et 60 blessées. Le nombre de victimes du conflit, selon la Croix-Rouge croate, s’élève à 114 civils tués, dont le poète Milan Milišić. Les journaux étrangers ont été critiqués pour avoir accordé une plus grande attention aux dommages subis par la vieille ville qu’aux pertes humaines. Néanmoins, les attaques d’artillerie sur Dubrovnik ont endommagé 56 % de ses bâtiments dans une certaine mesure, puisque la ville historique fortifiée, site du patrimoine mondial de l’UNESCO, a subi 650 impacts d’obus d’artillerie. L’armée croate a levé le siège en mai 1992 et libéré les environs de Dubrovnik à la fin du mois d’octobre, mais le danger d’attaques soudaines de la JNA a duré encore trois ans.
Après la fin de la guerre, les dommages causés par le bombardement de la vieille ville ont été réparés. En se conformant aux directives de l’UNESCO, les réparations ont été effectuées dans le style original. La plupart des travaux de reconstruction ont été effectués entre 1995 et 1999. Les dommages infligés peuvent être vus sur un tableau près de la porte de la ville, montrant tous les impacts d’artillerie pendant le siège, et sont clairement visibles depuis des points élevés autour de la ville sous la forme des nouveaux toits aux couleurs plus vives.
Le Tribunal pénal international pour l’ex-Yougoslavie (TPIY) a émis des actes d’accusation pour les généraux et les officiers de la JNA impliqués dans les bombardements. Le général Pavle Strugar, qui a coordonné l’attaque de la ville, a été condamné à une peine de sept ans et demi de prison par le tribunal pour son rôle dans l’attaque.
Le crash du CT-43 de l’USAF en Croatie en 1996, près de l’aéroport de Dubrovnik, a tué toutes les personnes à bord d’un jet de l’armée de l’air américaine, y compris le secrétaire américain au commerce Ron Brown, le chef du bureau du New York Times à Francfort Nathaniel C. Nash, et 33 autres personnes.
La Croatie a été le théâtre d’une série d’attentats à la bombe.