A mesure que le SRAS-CoV-2 se propage dans le monde, il mute, c’est-à-dire qu’il acquiert des modifications génétiques.
Bien que l’idée de « mutation virale » puisse sembler inquiétante, il est important de comprendre que beaucoup de ces mutations sont mineures et n’ont pas d’impact global sur la vitesse de propagation d’un virus ou potentiellement sur la gravité d’une infection virale. En fait, certaines mutations pourraient rendre le virus moins infectieux.
Une grande partie de nos connaissances sur la façon dont les virus changent pour échapper à l’immunité naturelle ou induite par les vaccins provient de l’observation du virus de la grippe et de la mise à jour constante des vaccins antigrippaux. Les virus de la grippe changent de deux façons principales, la dérive antigénique et le changement antigénique.
Une comparaison des similitudes et des différences entre les coronavirus et les virus de la grippe peut nous aider à comprendre comment ces similitudes et ces différences pourraient avoir un impact sur les vaccins potentiels COVID-19.
Dérive antigénique
Lorsqu’un virus se réplique, ses gènes subissent des « erreurs de copie » aléatoires (c’est-à-dire des mutations génétiques). Au fil du temps, ces erreurs de copie génétique peuvent, parmi d’autres modifications du virus, entraîner des altérations des protéines de surface ou antigènes du virus.
Notre système immunitaire utilise ces antigènes pour reconnaître et combattre le virus. Alors, que se passe-t-il si un virus mute pour échapper à notre système immunitaire ?
Dans les virus de la grippe, les mutations génétiques s’accumulent et entraînent une « dérive » de ses antigènes – ce qui signifie que la surface du virus muté a un aspect différent de celui du virus original.
Lorsque le virus de la grippe dérive suffisamment, les vaccins contre les anciennes souches du virus et l’immunité des infections précédentes par le virus de la grippe ne fonctionnent plus contre les nouvelles souches dérivées. Une personne devient alors vulnérable aux virus de la grippe plus récents et mutés.
La dérive antigénique est l’une des principales raisons pour lesquelles le vaccin contre la grippe doit être revu et mis à jour chaque année, pour suivre l’évolution du virus de la grippe.
Cela pourrait-il également se produire avec le SRAS-CoV-2 ?
D’après ce qui a été observé jusqu’à présent concernant l’évolution génétique du SRAS-CoV-2, il semble que le virus mute relativement lentement par rapport aux autres virus à ARN. Les scientifiques pensent que cela est dû à sa capacité à « relire » les nouvelles copies d’ARN. Cette fonction de relecture n’existe pas dans la plupart des autres virus à ARN, y compris la grippe. Les études réalisées à ce jour estiment que le nouveau coronavirus mute environ quatre fois moins vite que le virus de la grippe, également connu sous le nom de virus de la grippe saisonnière. Bien que le SRAS-CoV-2 mute, il ne semble pas, jusqu’à présent, dériver sur le plan antigénique. Il convient toutefois de noter que le SRAS-CoV-2 est un virus récemment découvert qui infecte les humains. Il y a encore beaucoup d’inconnues, et notre compréhension du virus du SRAS-CoV-2 continue de croître
Ce taux de mutation relativement lent pour le SRAS-CoV-2 nous fait espérer que les candidats vaccins expérimentaux contre le SRAS-CoV-2 auront potentiellement un obstacle de moins à franchir pour offrir la capacité de fournir une protection sur une plus longue période.
Changement antigénique
Les virus de la grippe subissent un changement antigénique, un changement abrupt et majeur dans les antigènes du virus qui se produit moins fréquemment que la dérive antigénique.
Il se produit lorsque deux souches de virus de la grippe différentes, mais apparentées, infectent une cellule hôte en même temps. Comme les génomes des virus de la grippe sont formés de 8 morceaux distincts d’ARN (appelés « segments de génome »), ces virus peuvent parfois « s’accoupler », dans un processus appelé « réassortiment ». Au cours du réassortiment, les segments de génome de deux virus de la grippe peuvent se combiner pour former une nouvelle souche de virus de la grippe.
Le réassortiment résulte est un nouveau sous-type de virus, avec des antigènes qui sont un mélange des souches originales.
Lorsqu’un réassortiment se produit, la plupart des gens ont peu ou pas d’immunité contre le nouveau virus résultant (comme le montrent les marques « x » ci-dessous). Les virus qui émergent à la suite d’un glissement antigénique sont les plus susceptibles de provoquer des pandémies.
Les coronavirus n’ont pas de génomes segmentés et ne peuvent pas se réassortir. Au lieu de cela, le génome du coronavirus est constitué d’un seul et très long morceau d’ARN. Cependant, lorsque deux coronavirus infectent la même cellule, ils peuvent se recombiner, ce qui est différent du réassortiment. Dans le cas de la recombinaison, un nouveau génome ARN unique est assemblé à partir de morceaux des génomes des deux coronavirus « parentaux ». Ce n’est pas aussi efficace que le réassortiment, mais les scientifiques pensent que les coronavirus se sont recombinés dans la nature.
Lorsque cela se produit, les scientifiques identifient le virus résultant comme un « nouveau coronavirus ». La génération d’un nouveau coronavirus, bien que se produisant par un mécanisme différent du changement antigénique des virus de la grippe, peut avoir une conséquence similaire, avec une propagation pandémique.
Alternativement, les virus de la grippe pandémique peuvent parfois survenir, non pas par réassortiment mais par « zoonose », lorsqu’un virus de la grippe qui infecte d’autres animaux, souvent des oiseaux ou des porcs, fait le saut chez l’homme et commence à se propager.
Cela arrive aussi avec les coronavirus, les nouveaux coronavirus humains, ou les gènes des nouveaux coronavirus humains, provenant de coronavirus es ancestraux qui ont infecté d’autres animaux, comme les chauves-souris, les chameaux ou les pangolins.
À ce jour, nous avons vu les coronavirus agir comme les virus de la grippe en générant des épidémies et maintenant une pandémie à partir de processus de recombinaison et de zoonose générant de nouveaux coronavirus humains (ressemblant au changement antigénique et à l’origine zoonotique de nouveaux sous-types de virus de la grippe humaine).
À ce jour, nous avons vu les coronavirus humains muter mais ne pas subir de dérive antigénique. C’est une bonne nouvelle pour les vaccins contre les coronavirus. Néanmoins, étant donné les similitudes entre le comportement des virus de la grippe et des coronavirus, il y a de nombreuses raisons de rester vigilant quant à la possibilité de futurs changements antigéniques dans le SRAS-CoV-2 et de se préparer à modifier un éventuel vaccin COVID-19, si nécessaire.