Cette sous-section de la section « Fonction » fournit des informations relatives aux cofacteurs. Un cofacteur est toute substance non protéique nécessaire à l’activité catalytique d’une protéine. Certains cofacteurs sont inorganiques, comme les atomes métalliques zinc, fer et cuivre dans différents états d’oxydation. D’autres, comme la plupart des vitamines, sont organiques.
Les cofacteurs sont généralement soit liés étroitement aux sites actifs, soit peuvent se lier de manière lâche à l’enzyme. Ils peuvent également être importants pour l’intégrité structurelle, c’est-à-dire que s’ils ne sont pas présents, l’enzyme ne se replie pas correctement ou devient instable.
La sous-section ‘Cofacteur’ est utilisée lorsque des ions et d’autres petits ligands se lient à l’enzyme. Ces molécules cofacteurs sont mises en correspondance avec les identifiants ChEBI. Dans le cas des multimères, les cofacteurs peuvent être liés soit à une seule sous-unité de l’enzyme, soit à l’interface. Dans le premier cas, le cofacteur n’est annoté que pour la sous-unité à laquelle il se lie.
Les substrats d’une réaction (NAD, FAD, ATP) qui sont répertoriés dans la sous-section Activité catalytique ne sont pas répertoriés comme cofacteurs, à l’exception des rares cas où une enzyme lie le même type de molécule comme substrat à un site et comme cofacteur à d’autres sites.
Les substances suivantes ne sont pas considérées comme des cofacteurs :
– Les substances omniprésentes telles que l’eau ne sont pas considérées comme des cofacteurs
– Les ions qui font partie de domaines de liaison métallique bien décrits, tels que les mains EF.
Lorsque des molécules alternatives peuvent agir comme cofacteurs sur le même site, elles sont listées dans un seul bloc d’annotation ‘Cofacteur’. Seules les molécules qui permettent plus de 50% de l’activité maximale sont mentionnées, tandis que les autres peuvent être mentionnées dans le champ « Note ».
Exemples : P00918, G3XD94
Lorsque la stœchiométrie précise d’un cofacteur est connue, elle est indiquée dans le champ « Note ». Dans ce cas, un seul bloc d’annotation ‘Cofacteur’ est créé.
Exemple : Q90240
Lorsqu’une enzyme lie des cofacteurs chimiquement différents sur différents sites, il y a un bloc d’annotation ‘Cofacteur’ pour chaque site.
Exemple : P38289
Lorsqu’une enzyme lie un cofacteur via une liaison covalente, le nom du composé est indiqué sous ‘Cofacteur’, tandis que le nom de la modification est décrit sous Modifications post-traductionnelles (résidu modifié).
Exemples : P9WP55, B3QM53
S’il existe des informations sur les cofacteurs spécifiques à une isoforme ou à une chaîne, il y aura des blocs d’annotation ‘Cofacteur’ séparés pour chaque isoforme ou chaîne.
Exemples : O15304, P26662
S’il est prouvé qu’un cofacteur n’est pas nécessaire à l’activité, ou qu’il est trop complexe pour être décrit avec ChEBI, il est possible d’avoir un bloc d’annotation ‘Cofacteur’ consistant uniquement en une ‘Note’.
Exemples : A9CEQ7, Q9F1R6
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