Separatisti, myös Independent, 1500- ja 1600-luvun englantilaiset protestantit, jotka halusivat irrottautua Englannin kirkon korruptoituneeksi koetusta korruptiosta ja muodostaa itsenäisiä paikalliskirkkoja. Separatistit olivat poliittisesti vaikutusvaltaisimpia Englannissa Kansainyhteisön aikana (1649-60) lordprotektori Oliver Cromwellin aikana, joka itse oli separatisti. Sittemmin he selvisivät sorron alta ja heistä tuli vähitellen merkittävä uskonnollinen vähemmistö Englannissa.
Separatistien perususkomus oli ajatus ”kootusta kirkosta”, jonka perusti Pyhä Henki, ei ihminen tai valtio. Uskomalla, että todellisten kristittyjen uskovien tulisi etsiä muita kristittyjä ja muodostaa yhdessä seurakuntansa, separatistit korostivat jokaisen seurakunnan oikeutta ja vastuuta päättää omista asioistaan ilman, että heidän tarvitsisi alistaa nämä päätökset minkään korkeamman inhimillisen auktoriteetin tuomiolle. Tämä ajatus oli vastakohta Englannin kirkon alueelliselle perustalle, jossa kaikki tietyllä alueella asuvat määrättiin seurakuntakirkon alaisuuteen, ja kukin paikallinen seurakunta alistui laajemman kirkkohierarkian valvontaan.
Separatistiliike oli aluksi laiton Englannissa, ja monet sen kannattajista joutuivat valtion ja sen kirkon vainoamiksi. Monet separatistit leimattiin usein maanpettureiksi, ja he pakenivat Englannista suvaitsevaisempiin maihin. Yksi tällainen ryhmä lähti Englannista Hollantiin vuonna 1608, ja vuonna 1620 osa heistä, pyhiinvaeltajat, asettui tunnetusti Plymouthiin, Massachusettsiin. Plymouthin separatistit tekivät yhteistyötä puritaanien kanssa, jotka asuttivat Massachusetts Bayn siirtokunnan vuonna 1630. Vaikka puritaanit olivat alun perin toivoneet puhdistavansa ja uudistavansa Englannin kirkkoa, he hyväksyivät Uudessa-Englannissa pyhiinvaeltajien perustaman seurakunnallisen kirkon hallintomuodon. Näin separatistien ja puritaanien kirkoista tuli Yhdysvaltojen kongregationalistit.