Panama on mannertenvälinen maa, jonka pinta-ala on 75 417 neliömetriä. km (29 119 sq mi) Keski-Amerikasta Etelä-Amerikkaan.
Kuten havaitaan Panaman fyysisestä kartasta, maan maisemaa hallitsevat metsäiset, tuliperäiset, tuliperäiset vuoret, jotka ulottuvat sen Costa Rican rajalta Kolumbiaan, Etelä-Amerikkaan. Merkittäviä vuoristoja ovat muun muassa pitkät Keskusvuoret sekä San Blas, Talamanca ja Tabasara.
Panaman korkein kohta on 3 475 metriä korkea Volcán Barú. Keltainen pystykolmio merkitsee pisteen sijaintia kartalla.
Panamanan hiekkarantarannat sulautuvat metsäisiin alankoihin, jotka kohoavat sisämaan vuorijonojen juurelle. Panaman itäinen kolmannes (Darienin maakunta) on harvaan asuttua maata, jossa on sademetsiä, jokia ja soisia alankoja, joita reunustavat korkeat vuorenhuiput. Kolumbian vastaisella rajalla sijaitseva Darian Gap on epäsuotuisaa, lähes läpipääsemätöntä tiheää viidakkoa.
Pohjoista rannikkoa reunustavat sadat pienet saaret, jotka muodostavat Bocas del Torron ja San Blasin saaristot. Merkittäviä saaria etelärannikolla ovat muun muassa Helmi-saaret (Survivorista tutut), Taboga, Cebaco ja Coiba. Maata valuttavat sadat, enimmäkseen pienet joet, joista merkittävimpiä ovat Charges, Chepo, Chucunague, San Pablo, Santa Maria ja Tuira.