Munuaisvaivan vakavuudesta riippuen urologian tiimi voi suositella erilaisia munuaisleikkauksia, joista monet voidaan tehdä laparoskooppisesti toipumisen helpottamiseksi. Yleisiä munuaisongelmia ovat munuaiskivet, kystat, hyvänlaatuiset ja syöpäkasvaimet sekä viat tai tukokset virtsajohtimessa, joka johtaa virtsan pois munuaisista.
Munuaiskivien hoitoon käytettäviä toimenpiteitä ovat muun muassa ei-invasiivinen litotripsia, jossa iskuaaltoja käytetään suurten kivien murskaamiseen, jotta ne pääsevät kulkemaan helpommin virtsateiden läpi, ja leikkaus, jota kutsutaan perkutaaniseksi nefrolitonomiaksi (PCNL), jolla poistetaan kivet, jotka ovat liian suuria muihin hoitoihin.
Laparoskooppinen kystaablaatio on minimaalisesti invasiivinen tekniikka, jolla voidaan poistattaa munuaiskystat. Laparoskooppinen pyeloplastia korjaa ongelmia, joissa virtsanjohdin ja munuainen kiinnittyvät toisiinsa.
Kun osa munuaisesta tai koko munuainen on poistettava sairauden tai syövän vuoksi, tätä toimenpidettä kutsutaan nefrektomiaksi. Nefrektomia voi olla radikaali (koko munuainen poistetaan) tai osittainen (vain kasvain poistetaan), ja se voidaan suorittaa avoleikkauksena (suurempi viilto) tai laparoskooppisesti (minimaalisesti invasiivisesti, pienillä viilloilla).