Amygdala koostuu useista alaytimistä, jotka saavat syötteitä suoraan tai epäsuorasti kaikista aistijärjestelmistä. Suuret vastavuoroiset yhteydet insulan kanssa ovat merkityksellisiä interoseptiikan ja emotionaalisen tietoisuuden kannalta ihmisellä.
Lesiointitutkimukset osoittavat, että amygdala palvelee klassista pelkoon ehdollistumisen paradigmaa eläimillä ja ihmisellä. Nykyaikainen neurotiede lupaa yksityiskohtaista ymmärrystä mekanismeista eläimissä. Ihmisellä amygdalan harvinaisiin vaurioihin liittyy sekä subjektiivisen pelkokokemuksen menettäminen että kyky havaita toisten ihmisten pelonilmaisuja. Lisäksi sosiaalinen kognitio ja päätöksenteko heikkenevät.
Aivojen kuvantaminen ihmisellä on vahvistanut, että pelko voidaan rekisteröidä alitajuisesti ja muista ei-emotionaalisista signaaleista riippumatta: näin pelokas ilme käsitellään kasvojen tunnistamisesta riippumatta. Merkittävä pelkokokemus psykiatrisessa häiriössä viittaa välttämättä amygdalaan. Aivojen serotoniinipitoisuutta lisäävillä lääkkeillä on varhaisia vaikutuksia, jotka vähentävät neuronivasteet amygdalassa.