Hieman yli 77 000 neliökilometrin pinta-alan ansiosta Etelä-Dakota sijoittuu osavaltioiden suurimpaan kolmannekseen pinta-alaltaan. Tässä harvaan asutussa osavaltiossa asuu vain noin 10 ihmistä neliömailia kohden, mikä tarjoaa niukasti luonnonmaisemia ja villiä maastoa. Etelä-Dakotan pinnanmuodostus vaihtelee suuresti loivasti kumpuilevista tasangoista syviin jokilaaksoihin, karuihin kukkuloihin ja metsäisiin vuoriin, mikä antaa kävijöille mahdollisuuden tutustua varsin vaihteleviin maisemiin.
Suuret tasangot
Pohjois-Amerikan laajat Suuret tasangot levittäytyvät itä-länsisuunnassa Appalakkien vuoristosta Kalliovuoristoon ja etelä-pohjoissuunnassa Meksikosta arktisille alueille kattaen osia kymmenestä osavaltiosta ja kolmesta Kanadan maakunnasta. Suuret tasangot ovat teknisesti ottaen tasanko, joka on korkea, mutta enimmäkseen tasainen pinnanmuoto. Nämä puolikuivat ruohoalueet peittävät lähes kolme neljäsosaa Etelä-Dakotasta, ja joillakin alueilla, erityisesti osavaltion länsiosassa, ne rikkoutuvat jyrkiksi, tasakorkuisiksi kukkuloiksi.
Jokilaaksot
Suurimmassa osassa osavaltiota Red River muodostaa Etelä-Dakotan rajan Minnesotan kanssa. Tämän joen viereinen maa sijaitsee noin 1 000 jalan korkeudessa, joka on alempana kuin ympäröivän Suurten tasankojen tasangon korkeus. Etelään virtaava James-joki halkaisee Etelä-Dakotan itäosan sydämen, ja sen rantoja reunustava hedelmällinen laakso tekee tästä kapeasta maakaistaleesta osavaltion tuottavimman maatalousalueen. Alueen korkeus merenpinnasta on 1 300-1 400 jalkaa, mikä on korkeampi kuin Red Riverin laakson korkeus, mutta kuitenkin matalampi kuin ympäröivillä Suurilla tasangoilla. Missourijoen leikkaama laakso on vain kilometrin levyinen ja erittäin kapea, minkä vuoksi se tunnetaan nimellä Missouri River Trench. Jyrkänteiset jyrkänteet kohoavat jyrkästi 300-600 jalkaa ylöspäin tämän juoksuhaudan reunoilla.
Badlands
Sarja kumpuja ja kupolimaisia, kumpuilevia kukkuloita, jotka tunnetaan nimellä Badlands, peittävät 2000 neliökilometriä Suurten tasankojen länsireunalla Etelä-Dakotassa. Tässä karussa, karussa maisemassa kasvaa hyvin vähän kasvillisuutta. Aikoinaan täällä asui eksoottisia eläinlajeja, kuten kameleita ja sapelihammastiikereitä, ja suuri osa Badlandsista on nykyään osa suojeltua Badlandsin kansallispuistoa.
Mustat kukkulat
Badlandsin länsipuolella sijaitsevat Mustat kukkulat sijaitsevat Wyomingin rajalla. Toisin kuin Badlandsissa, metsät kuitenkin peittävät nämä kupolimuotoiset vuoret, jotka muodostavat Black Hills National Forestin. Kuuluisa Mt. Rushmore on kaiverrettu yhteen niiden kallioisista jyrkänteistä. Lähellä vuoriston keskiosaa kohoaa Harney Peak, joka on 7 242 jalan korkeudessa – se ei ole ainoastaan Etelä-Dakotan korkein kohta, vaan myös Yhdysvaltojen korkein kohta Kalliovuorten itäpuolella.