Yhteisön koostumus vaihtelee huomattavasti koralliriutoilla muuttuvien ympäristötekijöiden, kuten syvyyden, syvyyden, aaltojen vaikutuksen, virtauksen voimakkuuden, valon tunkeutumisen, lämpötilan ja sameuden, vuoksi (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Schwartz 2006). Tämän seurauksena koralliriutat jaetaan eri vyöhykkeisiin, jotka vaihtelevat koralliriuttatyyppien välillä (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Schwartz 2006). Reunariutoilla on kolme vyöhykettä, joita kutsutaan nimellä riutatasanne, riutan harja ja riutan eturinta/rinne tai eturiffi (Lalli ja Parsons 1997; Spalding et al. 2001;Schwartz 2006; Heemsoth 2014).Näiden vyöhykkeiden lisäksi valliriutoilla ja atolleilla on laguuni, joka erottaa selkäriutan rantaviivasta (Lalli ja Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006; Heemsoth 2014)
Laguunin ja selkäriutan vyöhykkeet
Jos joku kulkisi valliriutan poikki rantaviivasta alkaen kohti avomerta, hän kohtaisi ensin laguunin, joka viettää ylöspäin selkäriutan vyöhykkeeseen((Lalli ja Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Laguunissa esiintyvien lajien koostumus voi vaihdella huomattavasti eri koralliriuttojen välillä erilaisten ympäristöolosuhteiden vuoksi (Lalli ja Parsons1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014).Esimerkiksi matalissa laguuneissa, jotka ovat puoliksi suljettuja, voi olla äärimmäisiä lämpötilavaihteluita ja suurempi sedimentaatio- ja ravinnekertymä (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014). Sitä vastoin laguuneissa voi olla ympäristöolosuhteita, jotka helpottavat korallien kasvua ja selviytymistä, kuten kirkas, tyyni vesi (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014). Laguuneissa havaitaan yleisesti myös meriruohoyhteisöjä (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014).Selkävyöhyke sijaitsee laguunin ja koralliriutan harjan välissä.Selkävyöhykkeen ympäristöolosuhteet ovat samankaltaiset kuin laguunissa, ja ne vaihtelevat eri koralliriuttojen välillä (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014).
Riffitasovyöhyke
Hyppyriutalla tasovyöhyke ulottuu suoraan rantaviivasta, ja se on ensimmäinen vyöhyke, johon törmää, jos kulkee koralliriutan poikki. Valliriuttajärjestelmissä tämä vyöhyke sijaitsee selkäriuttavyöhykkeen meren puolella. Molemmissa riuttajärjestelmissä riuttatasanteelle on ominaista äärimmäiset ympäristöolosuhteet, kuten matalat syvyydet, huomattavat lämpötilavaihtelut, vähäinen veden kierto ja joissakin tapauksissa altistuminen ilmalle laskuveden aikana (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014).Riuttatasanteen pohja koostuu korallien luurankomateriaalista, korallimurskeesta ja hiekasta, jota levä- ja merinurmikkalajit voivat kolonisoida (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014). Tämä vyöhyke tarjoaa pysyviä elinympäristöjä monille selkärangattomille lajeille, ja laskuveden aikaan monet muut eliöt vaeltavat riuttatasanteelle etsimään ravintoa (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014).
Riffin harjanne
Riffin harjannevyöhyke sijaitsee riutatasangon valtameren puolella, ja sille on ominaista jatkuva aaltoliikehdintä ja ajoittainen altistuminen ilmalle (Lallija Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014). Koska riutan harjanne sijaitsee syvemmällä kuin riuttatason vyöhyke, veden kierto on tasaisempaa ja lämpötilavaihtelut ovat vähäisempiä kuin jälkimmäisessä (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014). tietyt haarautuvien korallien lajit, kuten Acropora palmata (elkhorn-koralli), hallitsevat koralliriutan tätä osaa (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014). Nämä korallit muodostavat tällä vyöhykkeellä laajoja kenttiä, jotka tarjoavat elinympäristöjä monille riutakaloille ja selkärangattomille lajeille (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014)
Riffirintama tai -rinne
Riffin harjan takana on riutarintama tai -rinne (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014).Tällä alueella on suurempi lajien monimuotoisuus ja runsaus kuin millään muulla koralliriutan vyöhykkeellä (Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014).Riuttarintaman tai rinteen sisällä ympäristöolosuhteet muuttuvat huomattavasti syvyyden myötä(Lalli ja Parsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014). Riuttarintaman matalimmissa osissa, joissa aallokkovaikutus voi olla äärimmäistä, olosuhteet ovat samanlaiset kuin riutan harjanteella, ja siellä vallitsevat Acropora palmatan kaltaiset haarakorallit (Hubbard 1988; Jackson 1992; Aronson ja Precht 2001; Pandolfi ja Jackson 2006; Bellwood ja Hughes 2006). Syvemmissä vesissä, joissa ympäristöolosuhteet ovat vakaammat, monimuotoiset koralliyhteisöt kuitenkin kukoistavat (Lalli jaParsons 1997; Spalding ym. 2001; Heemsoth 2014).