Tässä ”Toiminta”-osion alajaksossa on kofaktoreihin liittyviä tietoja. Kofaktori on mikä tahansa muu kuin proteiiniin kuuluva aine, jota proteiini tarvitsee ollakseen katalyyttisesti aktiivinen. Jotkut kofaktorit ovat epäorgaanisia, kuten metalliatomit sinkki, rauta ja kupari eri hapetusasteissa. Toiset, kuten useimmat vitamiinit, ovat orgaanisia.
Kofaktorit ovat yleensä joko tiukasti sidottuja aktiivisiin alueisiin tai voivat sitoutua löyhästi entsyymiin. Ne voivat olla myös tärkeitä rakenteellisen eheyden kannalta, eli jos niitä ei ole, entsyymi ei taitu kunnolla tai siitä tulee epästabiili.
Alalajiketta ”Kofaktori” käytetään, kun ionit ja muut pienet ligandit sitoutuvat entsyymiin. Nämä kofaktorimolekyylit kartoitetaan ChEBI-tunnisteisiin. Multimereissä kofaktorit voivat sitoutua joko vain yhteen entsyymin alayksikköön tai rajapintaan. Ensin mainitussa tapauksessa kofaktori on annotoitu vain sille alayksikölle, johon se sitoutuu.
Katalyyttinen aktiivisuus -alaluvussa lueteltuja reaktion substraatteja (NAD, FAD, ATP) ei ole lueteltu kofaktoreina, lukuun ottamatta niitä harvinaisia tapauksia, joissa entsyymi sitoo samantyyppistä molekyyliä substraattina yhdestä kohdasta ja kofaktorina toisesta kohdasta.
Seuraavia aineita ei pidetä kofaktoreina:
– Kaikkialla esiintyviä aineita, kuten vettä, ei pidetä kofaktoreina
– Ioneja, jotka ovat osa hyvin kuvattuja metalleja sitovia domeeneja, kuten EF-käsiä.
Kun vaihtoehtoiset molekyylit voivat toimia kofaktoreina samassa paikassa, ne luetellaan yhdessä ”Cofactor”-annotaatiolohkossa. Vain molekyylit, jotka mahdollistavat yli 50 % maksimiaktiivisuudesta, mainitaan, kun taas muut voidaan mainita ”Note”-kentässä.
Esimerkkejä: P00918, G3XD94
Kun kofaktorin tarkka stoikiometria on tiedossa, se ilmoitetaan ”Huomautus”-kentässä. Tällaisissa tapauksissa luodaan vain yksi ”Cofactor”-merkintälohko.
Esimerkki: Q90240
Kun entsyymi sitoo kemiallisesti erilaisia kofaktoreita eri paikoissa, luodaan yksi ”Cofactor”-annotaatiolohko kutakin paikkaa varten.
Esimerkki: P38289
Kun entsyymi sitoo kofaktorin kovalenttisen sidoksen kautta, yhdisteen nimi ilmoitetaan kohdassa ’Cofactor’, kun taas modifikaation nimi kuvataan kohdassa Post-translationaaliset modifikaatiot (Modified residue).
Esimerkkejä: Esimerkkejä: P9WP55, B3QM53
Jos on olemassa isoformi- tai ketjukohtaisia kofaktoritietoja, kullekin isoformille tai ketjulle on omat ”Cofactor”-merkintälohkonsa.
Esimerkkejä: O15304, P26662
Jos kofaktoria ei todistetusti tarvita aktiivisuuteen tai se on liian monimutkainen kuvattavaksi ChEBI:n avulla, on mahdollista, että ”Cofactor”-merkintälohko koostuu vain ”Note”-merkinnästä.
Esimerkkejä: A9CEQ7, Q9F1R6
.