Johann Gregor Mendel syntyi silesialaisessa Heinzendorfin kylässä, nykyisessä Hyncicessä Tšekin tasavallassa. Hänen vanhempansa olivat maanviljelijöitä ja tunnistivat jo varhain poikansa älykkyyden. Mendel pystyi pysymään koulussa ja jatkamaan akateemista elämää. Hänen sisarensa Theresia uhrasi itse asiassa osan myötäjäisrahastaan, jotta Mendel saisi koulutuksen.
Vuonna 1843 Mendel astui noviisina augustinolaisluostariin Brnossa (nykyisessä Tšekin tasavallassa). Omaelämäkerrassaan Mendel sanoi, että toisin kuin muut papit, hän ei tuntenut kutsumusta kirkkoon: ”Olosuhteeni ratkaisivat ammatinvalintani”. Mendelillä oli hyvä elämä luostarissa; hän kuului alueen kulttuuri- ja tiedepiireihin. Lisäksi luostari lähetti hänet kouluun jatkamaan opintojaan.
Mendelillä oli monia kiinnostuksen kohteita, ja Wienin yliopistossa opiskellessaan (1851-1853) hän opiskeli fysiikkaa Christian Dopplerin johdolla ja kävi kemian ja eläintieteen kursseja. Osana luostarivelvollisuuksiaan Mendel opetti luonnontieteitä paikallisissa kouluissa, ja hänet muistettiin ystävällisenä ja hyvänä opettajana.
Mendelin geneettiset kokeet hernekasveilla veivät häneltä kahdeksan vuotta (1856-1863). Hän julkaisi tuloksensa vuonna 1865, ja hänen geneettisen periytymisen lainalaisuutensa ansaitsivat hänelle paikan historiassa genetiikan isänä.
Vuosien mittaan Mendel palveli luostaria uskollisesti, ja vuonna 1868 Mendelistä tuli Brnon luostarin apotti, prelaatti. Hänen velvollisuutensa prelaattina merkitsivät sitä, että Mendelillä oli vähemmän aikaa tieteellisiin tutkimuksiinsa. Mendel otti prelaattina toimimisensa vakavasti; hän oli tietoinen siitä, että oli velkaa luostarille, joka tuki hänen tieteellisiä kiinnostuksen kohteitaan. Elämänsä viimeisellä vuosikymmenellä Mendel sotkeutui kansalaiskiistaan, joka koski luostarilta perittäviä veroja. Kiista aiheutti pahaa mieltä luostarin ja kaupungin viranomaisten välille, eikä sitä saatu ratkaistua Mendelin elinaikana.
Brnossa on nykyään Mendelin museo, jossa muistellaan hänen elämäänsä.
Mendelin elämästä muistellaan.