Vuonna 1995 Helton kirjoittautui Duken yliopistoon ja siirtyi Duke Blue Devilsin jalkapallojoukkueen assistentiksi Fred Goldsmithin johdolla. Myöhemmin Helton ylennettiin juoksuvalmentajaksi vuonna 1996.
Helton siirtyi isänsä kanssa Houstoniin juoksuvalmentajaksi vuonna 1997 ja toimi siinä tehtävässä aina vuoteen 1999 asti, Kim Heltonin viimeiseen kauteen päävalmentajana.
Hustonin lähdettyä Houstonista Helton siirtyi Rip Schererin alaisuuteen Memphisiin niin ikään juoksuvalmentajaksi. Helton jäi Schererin tilalle vuonna 2001 tulleen uuden valmentajan Tommy Westin alaisuuteen ja siirtyi vuonna 2003 leveiden vastaanottimien valmentajaksi. Vuoteen 2007 mennessä Helton ylennettiin hyökkäyskoordinaattoriksi ja pelinrakentajien valmentajaksi. Helton valmensi Memphisissä muun muassa DeAngelo Williamsia, joka valittiin NFL:n ensimmäisen kierroksen varaustilaisuuteen vuonna 2005, ja Duke Calhounia, joka valittiin vuoden 2006 Conference USA:n All-Freshman-valmentajaksi.
Helton palkattiin USC:hen pelinrakentajien valmentajaksi vuonna 2010 Lane Kiffinin alaisuuteen. Vuonna 2013 hänet ylennettiin hyökkäyskoordinaattoriksi. Helton toimi joukkueen väliaikaisena päävalmentajana bowl-pelin aikana sen jälkeen, kun joukkueen edellinen väliaikainen päävalmentaja Ed Orgeron erosi Steve Sarkisianin palkkaamisen jälkeen. Lokakuun 11. päivänä 2015 hänestä tuli jälleen Trojansin väliaikainen päävalmentaja sen jälkeen, kun päävalmentaja Steve Sarkisian jäi virkavapaalle ja sai sittemmin potkut. Marraskuun 30. päivänä 2015 USC poisti väliaikaisen merkin ja nimitti Heltonin pysyväksi päävalmentajaksi. Kun Helton nimitettiin pysyväksi päävalmentajaksi, USC hävisi kauden 2015 kaksi viimeistä peliä Stanfordille Pac-12-mestaruusottelussa ja Wisconsinille Holiday Bowlissa. Heltonin ensimmäisellä täydellä kaudella päävalmentajana USC aloitti kauden 1-3 häviten Alabamalle, Stanfordille ja Utahille, mutta voitti sitten runkosarjan 2016 kahdeksan viimeistä peliä sekä Rose Bowlin Penn Statea vastaan päättäen kauden ennätyksellä 10-3 ja sijoittuen kolmanneksi AP:n kyselyssä.