Se aloitti toimintansa vuonna 1901 kuivatelakkana, ja se toimi merivoimien laitoksena vuoteen 1996 asti, jolloin se lopetti toimintansa vuoden 1993 tukikohtien uudelleenjärjestely- ja sulkemiskomission suositusten seurauksena. Tuolloin se vuokrattiin Detyens Shipyards, Inc:lle.
Alun perin merivoimien telakaksi ja myöhemmin merivoimien tukikohdaksi nimetyllä telakalla oli suuri vaikutus paikalliseen yhteisöön, kolmen piirikunnan alueeseen ja koko Etelä-Carolinan osavaltioon.
Telakalla valmistettiin aluksi hävittäjää USS Tillman (DD-135), minkä jälkeen sen tuotantoa ryhdyttiin lisäämään 1930-luvulla. Laivastotehtaalla koottiin yhteensä 21 hävittäjää.
Vuonna 1931 Ellicottin ruoppauslaitos toimitti Charlestonin vanhalla Charlestonin laivastotelakalla vielä käytössä olleen 20-tuumaisen kutterinruoppauslaiva Orionin.
Kaksi suurinta telakalla koskaan rakennettua alusta olivat kaksi hävittäjäalusta, USS Tidewater (AD-31) ja USS Bryce Canyon (AD-36). Näiden alusten pohjat laskettiin marraskuussa 1944 ja heinäkuussa 1945. Huipputyöllisyys, 25 948 työntekijää, saavutettiin heinäkuussa 1943.
Sodan jälkeen telakka vastasi kaapattujen saksalaisten sukellusveneiden korjauksista ja muutostöistä. Huhtikuussa 1948 laivastoministeri John L. Sullivan kertoi Charlestonin edustajalle Riversille ja senaattori Burnet R. Maybankille, että laivasto suunnitteli CNSY:n muuttuvan sukellusveneiden kunnostustelakaksi ja pyytäisi alustavasti määrärahaa akkujen latausyksikköä varten.
Ensimmäinen sukellusvene, USS Conger (SS-477), saapui peruskorjattavaksi elokuussa 1948. Telakka odotti kunnostavansa vuoden aikana noin 132 alusta, ja sen työvoima oli vakiintunut lähes 5 000 henkilöön.
Pohjois-Korean hyökkäys Etelä-Koreaan kesäkuussa 1950 lisäsi jälleen tuotantoa. Vuoteen 1951 mennessä telakalla oli jälleen yli 8 000 työntekijää. Kaikkiaan telakka aktivoi neljäkymmentäneljä alusta ja konvertoi kaksikymmentäseitsemän laivaston aktiiviseen palvelukseen Korean sodan aikana.
Sukellusveneiden rakentaminen jatkui ohjusten ohella 1960-luvulla, ja ydinsukellusveneiden peruskorjauksia tehtiin, mukaan lukien USS Scorpion (SSN-589) vuonna 1962. Vuonna 1966 telakka sai valmiiksi ensimmäisen ydinsukellusveneen, USS Skipjackin (SSN-585), polttoainetäydennyksen ja aloitti ensimmäisen FBM-sukellusveneen (Fleet Ballistic Missile), USS Thomas A. Edisonin (SSBN-610), peruskorjauksen. Työt aloitettiin kuivatelakka nro 2:n syventämiseksi, jotta se voisi käsitellä massiivisia FBM-sukellusveneitä ja kaikuluotaimella varustettuja hävittäjiä.”
Laitos säilyi merkittävänä laitoksena koko kylmän sodan ajan lukuisten risteilijöiden, hävittäjien, hyökkäyssukellusveneiden, FBM-sukellusveneiden, hävittäjä- ja sukellusvenetukialusten kotisatamana Yhdysvaltain Atlantin laivastolle, kunnes se suljettiin 1990-luvulla kylmän sodan päättymisen ja sitä seuranneen BRAC-komission toimenpiteen seurauksena.