Tulokaskaudellaan Manning oli yliopistojoukkueen aloittava pelinrakentaja, joka loisti debyytissään ja johti Newmanin 26 pisteen voittoon. ”Hän ei näytä fuksilta. Siinä kypsyydessä ja siinä, miten käsittelet niitä tiukkoja hetkiä, voi tulla suuruutta”, hänen valmentajansa sanoi jälkeenpäin. Myöhemmin, lokakuussa hänen fuksikaudellaan, Archie Manning sanoi, että Arch oli edellä Peyton- ja Eli-sedät samassa iässä.
Manning päätti fuksikautensa 2 407 jaardilla ja 34 touchdownilla, ansaiten MaxPreps National Freshman of the Year -kunniamaininnan ja liittyen tuleviin NFL-pelaajiin Jabrill Peppersiin ja Nick Bosaan sekä Clemsonin pelinrakentajaan Trevor Lawrencen kanssa.
Maning nautti kasvupyrähdyksestään kymppiluokalla. Kakkosluokkalaisena Manning avasi kauden heittämällä kuusi touchdownia.
Lokakuun 15. päivänä 2020 Manning teki kansallisen televisiodebyyttinsä ottelussa Booker T Washingtonia vastaan. Hän heitti kaksi touchdownia ja juoksi lisäksi kaksi touchdownia.
Välttääkseen mediakohun Manningin perhe on pidättäytynyt mediahaastatteluista ja kieltäytynyt myös ennenaikaisista college-stipenditarjouksista. ”He ovat sulkeneet kaiken”, sanoi eräs paikallisen median edustaja, ”mutta huomio tulee.”