La invasión francesa de España en 1808 provocó un estallido de lealtad al rey y a la patria y excitó una grave preocupación por la iglesia. La profunda inquietud granadina por el destino del imperio y los intentos conflictivos de los súbditos coloniales y peninsulares por el control del gobierno durante el cautiverio del rey español Fernando VII condujeron a luchas en Nueva Granada y a declaraciones de independencia. En 1810 las jurisdicciones subordinadas de Nueva Granada expulsaron a sus funcionarios españoles, excepto en Santa Marta, Ríohacha y lo que hoy son Panamá y Ecuador. El levantamiento de Bogotá del 20 de julio de 1810 se conmemora como el Día de la Independencia en Colombia, aunque estos nuevos gobiernos juraron fidelidad a Fernando VII y no comenzaron a declarar la independencia hasta 1811. Los idealistas y ambiciosos líderes provinciales deseaban la federación. Los líderes criollos trataron de centralizar la autoridad sobre los nuevos gobiernos. Se produjeron una serie de guerras civiles que facilitaron la reconquista española de las Provincias Unidas de Nueva Granada entre 1814 y 1816. Un remanente de las fuerzas republicanas huyó a los llanos de Casanare, donde se reorganizaron bajo el mando de Francisco de Paula Santander, un general colombiano que siguió siendo una figura prominente en la política granadina hasta su muerte en 1840.
Cualquier lealtad restante a la corona fue enajenada por la conducta arbitraria punitiva de las tropas europeas y partisanas, cuyas acciones dieron validez al ataque a la civilización española que comenzó a finales de 1810 y continuó durante el siglo XIX. Las fuerzas rebeldes de Casanare se unieron a las de Simón Bolívar en la cuenca del Orinoco, en Venezuela. En 1819 se completaron los arreglos para un gobierno regular, y una convención constitucional se reunió en Angostura (actual Ciudad Bolívar, Venezuela) con delegados de Casanare y algunas provincias venezolanas. Ese mismo año Bolívar invadió Colombia y derrotó decisivamente a las fuerzas españolas el 7 de agosto en Boyacá. Siguieron la decisiva batalla de Carabobo (Venezuela) en 1821 y la de Pichincha (Ecuador) en 1822. El Congreso de Angostura sentó las bases para la formación de la República de Colombia (1819-30), conocida generalmente como la Gran Colombia porque incluía lo que hoy son los países separados de Colombia, Panamá, Venezuela y Ecuador. La república fue organizada definitivamente por el Congreso de Cúcuta en 1821. Antes de esa fecha el gobierno era altamente militar y estaba organizado jerárquicamente, con vicepresidentes regionales que ejercían el poder directo mientras su presidente, Bolívar, estaba en campaña. Organizada como un gobierno representativo centralizado, la república mantuvo a Bolívar como presidente y al presidente interino Santander como vicepresidente.
Encyclopædia Britannica, Inc.
La Gran Colombia tuvo una breve y viril existencia durante la guerra. La posterior rivalidad civil y militar por los cargos públicos y los celos regionales condujeron en 1826 a una rebelión en Venezuela dirigida por el general José Antonio Páez. Bolívar regresó de Perú para restaurar la unidad, pero sólo consiguió el reconocimiento de su autoridad personal. A medida que se extendía el descontento, quedó claro que ningún grupo amaba la república lo suficiente como para luchar por su existencia. En 1829, Bolívar había dividido el territorio en cuatro jurisdicciones bajo el mando de generales venezolanos con autoridad civil y militar. Mientras tanto, la convención de Ocaña había fracasado en la reorganización de la república, y la breve dictadura de Bolívar (1828-30) no tuvo mejor éxito. Bolívar convocó entonces la Convención de 1830, que produjo una constitución honrada sólo en Nueva Granada (nombre que entonces se refería sólo a Colombia, con el istmo de Panamá). Durante esta convención Bolívar renunció y partió hacia la costa norte, donde murió cerca de Santa Marta el 17 de diciembre de 1830. Para entonces, Venezuela y Ecuador se habían separado de la Gran Colombia. La Nueva Granada, un país de 1,5 millones de habitantes en 1835, se quedó sola.
Robert Louis Gilmore