Un área de poco más de 77.000 millas cuadradas sitúa a Dakota del Sur en el tercio más grande de los estados en términos de clasificación de tamaño por tierra. Este estado escasamente poblado alberga sólo a unas 10 personas por milla cuadrada, lo que ofrece una escasez de paisajes naturales y terrenos salvajes. La topografía de Dakota del Sur varía mucho, desde llanuras suavemente onduladas hasta profundos valles fluviales, colinas áridas y montañas boscosas, lo que permite a los visitantes la posibilidad de explorar paisajes muy diversos.
Grandes Llanuras
Las vastas Grandes Llanuras de Norteamérica se extienden de este a oeste desde los Montes Apalaches hasta las Montañas Rocosas, y de sur a norte desde México hasta el Ártico, cubriendo partes de 10 estados y tres provincias canadienses. Las Grandes Llanuras son técnicamente una meseta, un relieve elevado, pero mayoritariamente plano. Estas praderas semiáridas cubren casi las tres cuartas partes de Dakota del Sur, y en algunas zonas, sobre todo en la parte occidental del estado, se convierten en colinas empinadas y planas.
Valles fluviales
En el extremo noreste del estado, el río Rojo forma la frontera de Dakota del Sur con Minnesota. La tierra adyacente a este río se encuentra a unos 1.000 pies, una elevación más baja que la de la meseta circundante de las Grandes Llanuras. El río James, que fluye hacia el sur, atraviesa el corazón del este de Dakota del Sur, y el fértil valle que flanquea sus orillas hace de esta estrecha franja de tierra la zona agrícola más productiva del estado. Las elevaciones aquí oscilan entre los 1.300 y los 1.400 pies, más altas que las del valle del río Rojo, pero todavía más bajas que las de las Grandes Llanuras circundantes. El valle cortado por el río Missouri es, con sólo una milla de ancho, extremadamente estrecho; de ahí que se conozca como la Fosa del río Missouri. Los acantilados se elevan bruscamente entre 300 y 600 pies a lo largo de los bordes de esta fosa.
Las Badlands
Una serie de colinas onduladas en forma de cúpula conocidas como las Badlands cubren 2.000 millas cuadradas a lo largo del borde occidental de las Grandes Llanuras en Dakota del Sur. En este paisaje árido y escarpado crece muy poca vegetación. En su día fueron el hogar de especies animales exóticas, como camellos y tigres de dientes de sable, y ahora gran parte de las Badlands forman parte del protegido Parque Nacional de las Badlands.
Colinas Negras
Al oeste de las Badlands, las Colinas Negras se extienden a lo largo de la frontera con Wyoming. Sin embargo, a diferencia de las Badlands, los bosques cubren estas montañas en forma de cúpula, constituyendo el Bosque Nacional de las Colinas Negras. El famoso Monte Rushmore está tallado en uno de sus promontorios rocosos. Cerca del centro de la cordillera, el Harney Peak se eleva hasta los 2.000 metros, no sólo el punto más alto de Dakota del Sur, sino el más alto de Estados Unidos al este de las Montañas Rocosas.