Esta subsección de la sección «Función» proporciona información relevante para los cofactores. Un cofactor es cualquier sustancia no proteica necesaria para que una proteína sea catalíticamente activa. Algunos cofactores son inorgánicos, como los átomos metálicos de zinc, hierro y cobre en varios estados de oxidación. Otros, como la mayoría de las vitaminas, son orgánicos.
Los cofactores suelen estar fuertemente unidos a los sitios activos, o pueden unirse de forma suelta a la enzima. También pueden ser importantes para la integridad estructural, es decir, si no están presentes, la enzima no se pliega correctamente o se vuelve inestable.
La subsección «Cofactor» se utiliza cuando los iones y otros ligandos pequeños se unen a la enzima. Estas moléculas cofactoras se asignan a identificadores ChEBI. En el caso de los multímeros, los cofactores pueden unirse a una sola subunidad de la enzima o a la interfaz. En el primer caso, el cofactor sólo se anota para la subunidad a la que se une.
Los sustratos para una reacción (NAD, FAD, ATP) que se enumeran en la subsección de actividad catalítica no se enumeran como cofactores, con la excepción de los raros casos en los que una enzima se une al mismo tipo de molécula como sustrato en un sitio y como cofactor en otros sitios.
Las siguientes sustancias no se consideran cofactores:
– Las sustancias ubicuas, como el agua, no se consideran cofactores
– Los iones que forman parte de dominios de unión a metales bien descritos, como los EF-hands.
Cuando moléculas alternativas pueden actuar como cofactores en el mismo sitio, se enumeran en un bloque de anotación «Cofactor». Sólo se mencionan las moléculas que permiten más del 50% de la actividad máxima, mientras que otras pueden mencionarse en el campo «Nota».
Ejemplos: P00918, G3XD94
Cuando se conoce la estequiometría precisa de un cofactor, se indica en el campo «Nota». En estos casos, sólo se crea un bloque de anotación «Cofactor».
Ejemplo: Q90240
Cuando una enzima se une a cofactores químicamente diferentes en sitios distintos, hay un bloque de anotación ‘Cofactor’ para cada sitio.
Ejemplo: P38289
Cuando una enzima se une a un cofactor a través de un enlace covalente, el nombre del compuesto se indica en «Cofactor», mientras que el nombre de la modificación se describe en Modificaciones postraduccionales (Residuo modificado).
Ejemplos: P9WP55, B3QM53
Si hay información de cofactor específica de la isoforma o de la cadena, habrá bloques de anotación de ‘Cofactor’ separados para cada isoforma o cadena.
Ejemplos: O15304, P26662
Si se demuestra que un cofactor no es necesario para la actividad, o es demasiado complejo para ser descrito con ChEBI, es posible tener un bloque de anotación ‘Cofactor’ que consista sólo en una «Nota».
Ejemplos: A9CEQ7, Q9F1R6