La amígdala comprende múltiples subnúcleos que reciben información, directa o indirectamente, de todos los sistemas sensoriales. Las principales conexiones recíprocas con la ínsula son relevantes para la interocepción y la conciencia emocional en el hombre.
Los estudios de lesiones demuestran que la amígdala está al servicio del paradigma clásico del condicionamiento del miedo, en animales y en el hombre. La neurociencia moderna promete una comprensión detallada de los mecanismos en los animales. En el hombre, las lesiones poco frecuentes de la amígdala se asocian a una pérdida tanto de la experiencia subjetiva del miedo como de la capacidad de detectar las expresiones de miedo de los demás. Además, hay un deterioro de la cognición social y de la toma de decisiones.
Las imágenes cerebrales en el hombre han confirmado que el miedo puede registrarse de forma subliminal e independiente de otras señales no emocionales: así, una expresión de miedo se procesa independientemente del reconocimiento facial. La experiencia de miedo prominente en un trastorno psiquiátrico implica necesariamente a la amígdala. Los fármacos que aumentan la serotonina en el cerebro tienen acciones tempranas en la reducción de las respuestas neuronales en la amígdala.