Empezó a funcionar en 1901 como dique seco, y continuó como instalación de la marina hasta 1996, cuando dejó de funcionar como resultado de las recomendaciones de la Comisión de Reajuste y Cierre de Bases de 1993. En ese momento fue arrendado a Detyens Shipyards, Inc.
Designado inicialmente como Astillero de la Armada y posteriormente como Base Naval, tuvo un gran impacto en la comunidad local, en el área de los tres condados y en todo el Estado de Carolina del Sur.
El astillero produjo primero el destructor USS Tillman (DD-135), y luego comenzó a aumentar la producción en la década de 1930. Un total de 21 destructores fueron ensamblados en las instalaciones navales.
En 1931, Ellicott Dredges entregó la draga de corte de 20 pulgadas Orion que todavía estaba en funcionamiento en el antiguo Astillero Naval de Charleston.
Dos de los mayores buques construidos en el astillero fueron dos destructores auxiliares, el USS Tidewater (AD-31) y el USS Bryce Canyon (AD-36). Las quillas de estos buques se colocaron en noviembre de 1944 y julio de 1945, respectivamente. El número máximo de empleados, 25.948, se alcanzó en julio de 1943.
Después de la guerra, el astillero se encargó de las reparaciones y alteraciones de los submarinos alemanes capturados. En abril de 1948, el Secretario de la Armada John L. Sullivan dijo al representante Rivers de Charleston y al senador Burnet R. Maybank que la Armada planeaba que el CNSY se convirtiera en un astillero de revisión de submarinos y que pediría una asignación inicial para una unidad de carga de baterías.
El primer submarino, el USS Conger (SS-477), llegó para su revisión en agosto de 1948. El astillero esperaba reparar unos 132 barcos durante el año, y su fuerza de trabajo se había estabilizado en casi 5.000 personas.
La invasión de Corea del Sur por parte de Corea del Norte en junio de 1950 aumentó la producción una vez más. En 1951, el astillero volvía a tener más de 8.000 empleados. En total, el astillero activó cuarenta y cuatro buques y convirtió veintisiete para el servicio activo de la flota durante la Guerra de Corea.
Los submarinos siguieron construyéndose en la década de 1960 junto con los misiles, y se llevaron a cabo revisiones de submarinos nucleares, incluyendo el USS Scorpion (SSN-589) en 1962. En 1966, el astillero completó el primer reabastecimiento de combustible de un submarino nuclear, el USS Skipjack (SSN-585), y comenzó su primera revisión de un submarino de la Flota de Misiles Balísticos (FBM), el USS Thomas A. Edison (SSBN-610). Se comenzó a trabajar en la profundización del Dique Seco Nº 2 para que pudiera manejar los enormes submarinos FBM y destructores equipados con sonar.»
La instalación siguió siendo una de las principales durante la Guerra Fría como puerto base de numerosos cruceros, destructores, submarinos de ataque, submarinos FBM, destructores auxiliares y submarinos auxiliares de la Flota Atlántica de EE.UU. hasta su cierre en la década de 1990 como resultado del final de la Guerra Fría y la posterior acción de la Comisión BRAC.