Iniciación
El ADN eucariótico se une a unas proteínas conocidas como histonas para formar unas estructuras llamadas nucleosomas. Durante la iniciación, el ADN se hace accesible a las proteínas y enzimas que participan en el proceso de replicación. Existen localizaciones cromosómicas específicas, llamadas orígenes de replicación, donde comienza la replicación. En algunos eucariotas, como la levadura, estos lugares se definen por tener una secuencia específica de pares de bases a la que se unen las proteínas de iniciación de la replicación. En otros eucariotas, como los humanos, no parece haber una secuencia de consenso para sus orígenes de replicación. En su lugar, las proteínas de iniciación de la replicación podrían identificar y unirse a modificaciones específicas de los nucleosomas en la región del origen.
Ciertas proteínas reconocen y se unen al origen de replicación y luego permiten que las otras proteínas necesarias para la replicación del ADN se unan a la misma región. Se dice que las primeras proteínas que se unen al ADN «reclutan» a las otras proteínas. Entre las proteínas reclutadas al origen se encuentran dos copias de una enzima llamada helicasa. Cada helicasa desenrolla y separa la hélice de ADN en ADN monocatenario. A medida que el ADN se abre, se forman estructuras en forma de Y llamadas horquillas de replicación. Al unirse dos helicasas, se forman dos horquillas de replicación en el origen de replicación; éstas se extienden en ambas direcciones a medida que avanza la replicación creando una burbuja de replicación. Hay múltiples orígenes de replicación en el cromosoma eucariota, lo que permite que la replicación se produzca simultáneamente en cientos o miles de lugares a lo largo de cada cromosoma.
