扁桃体は複数の下位核からなり、あらゆる感覚系から直接的、間接的に入力を受ける。
扁桃体は動物でも人間でも恐怖条件付けの古典的パラダイムを支えていることが、病巣研究によって明らかにされている。 現代の神経科学は、動物におけるメカニズムの詳細な理解を約束する。 人間では，まれに扁桃体を損傷すると，恐怖の主観的体験と他者による恐怖の表出を感知する能力の双方が失われる。 さらに，社会的認知や意思決定にも障害が生じる。
人間の脳イメージングでは，恐怖はサブリミナルに，他の非感情的な信号とは別に登録されることが確認されている。 精神疾患における恐怖体験は、扁桃体の関与が示唆される。 脳内のセロトニンを増加させる薬物は、扁桃体の神経細胞反応を早期に抑制する作用がある
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