次の要因もペニスのサイズに影響を与えます：
ホルモン
エストロゲンとプロゲステロンが、胸、腰、脂肪蓄積などの女性の性的特性に影響を与えるように、男性の性ホルモンまたはアンドロゲンは、精巣とペニスの成長に寄与しています。
思春期になると、下垂体は黄体形成ホルモン（LH）と卵胞刺激ホルモン（FSH）を多く産生するようになります。
LHは睾丸のライディッヒ細胞におけるテストステロンの生産を促進し、FSHは精子の生産を促進する。
妊娠中のテストステロンレベルの変動は、陰茎異常を引き起こす可能性がある。 例えば、母体がヒト絨毛性ゴナドトロフィン（hCG）ホルモンを十分に産生しない場合がある。
5α還元酵素欠損症や先天性副腎過形成症などのまれな疾患もテストステロンレベルに影響を与え、生殖器の外観に影響を与えることがあります。
テストステロンレベルが正常であっても、いくつかの病状は人の体がテストステロンに正しく反応するのを止めることがあります。 この反応は、アンドロゲン不応症と呼ばれています。
これらのホルモンの問題のいずれかが生じた場合、男性胎児の陰茎は通常の方法で発達しない可能性があります。
環境
農薬、可塑剤などの環境汚染物質やその他の化学物質は、陰茎サイズにマイナスの影響を与える可能性があります。 これらの化学物質は内分泌かく乱物質として作用し、遺伝子やホルモンの発現に影響を与える可能性があります。
エピジェネティクスは、環境がどのように遺伝子発現に影響を与えるかを研究する、成長中の科学分野です。
研究者は、エピジェネティクスが発生と疾病において役割を果たすと考えています。 彼らは、それがホルモン機能に影響を与え、ホルモン障害に役割を持つかもしれないと考えています。
2015年と2016年の研究は、フタル酸エステルなどの化学物質への出生前の曝露が、男性の新生児の生殖器の発達に悪影響を及ぼすことを示唆しています。
また、2019年の研究では、エピジェネティックに関連した食事の影響が、思春期の男の子の性器の進行を遅らせる可能性が示唆されています。
栄養
胎内や生涯を通じて栄養不良になると、ホルモンに影響を与え、成長と発達に影響を与える可能性があります。
さらに、拒食症や過食症に見られるような思春期の栄養失調は、通常の思春期を遅らせることができます。
遅れた思春期の下にある個体は、通常、最終的にキャッチアップしますが、遅れた思春期の症状は、より小さい陰茎と睾丸を含みます。
他の要因
遺伝は、ペニスサイズの最も強い予測因子である。 しかし、体脂肪や陰毛の有無などの要因は、その真のサイズに影響を与えることなく、陰茎を大きく見せたり小さく見せたりすることができます。 この生理的な反応により、ペニスは一時的に収縮します。