1970年代初頭、旧市街が戦争の犠牲になることを防ぐために非軍事化されたにもかかわらず、1991年のクロアチア独立後、ユーゴスラビア人民軍（JNA）は、当時セルビア人で主に構成されていて街を攻撃してきたのです。 クロアチア新政府は、この街に軍の前哨基地を設置した。 モンテネグロは、モミール・ブラトヴィッチ大統領とミロ・ドゥカノヴィッチ首相が率い、反官僚革命で政権を握り、セルビアのスロボダン・ミロシェヴィッチと同盟して、ドブロヴニクは歴史的に独立クロアチアには属さず、むしろモンテネグロの沿海史に沿った歴史的な存在だと主張してクロアチアには残らないべきだと宣言したのです。 それはともかく、当時ドゥブロヴニクの住民のほとんどはクロアチア人として認識するようになっており、自称セルビア人は人口の6.8パーセントを占めていた。
1991年10月1日、ドゥブロヴニクは日本海軍によって7ヶ月間続く包囲攻撃を受け、攻撃されることになった。 最も激しい砲撃は12月6日で、19人が死亡、60人が負傷した。 クロアチア赤十字によると、この紛争での犠牲者は114人の民間人で、その中には詩人のミラン・ミリシッチも含まれていた。 海外の新聞は、死傷者よりも旧市街の被害が大きく取り上げられ、批判を浴びた。 しかし、ドブロヴニクへの砲撃は、ユネスコの世界遺産である歴史的な城壁都市が650発の砲弾を受け、その56％の建物に何らかの損害を与えたのである。 1992年5月にクロアチア軍が包囲を解き、10月末にはドブロヴニク周辺を解放したが、JNAによる突然の攻撃の危険はさらに3年間続いた
終戦後、旧市街の砲撃による被害は修理された。 ユネスコのガイドラインに従い、修理はオリジナルのスタイルで行われた。 再建工事のほとんどは1995年から1999年にかけて行われた。 城門の近くにある、包囲中に受けたすべての砲撃の跡を示す表で、その被害を見ることができます。また、街中の高い場所からは、より明るい色の新しい屋根の形で、はっきりと見ることができます。
旧ユーゴスラビア国際刑事裁判所（ICTY）は、空爆に関与したJNA将官と将校の起訴状を発行した。 この都市への攻撃を調整したPavle Strugar将軍は、攻撃での役割のために法廷から7年半の懲役を言い渡されました。
1996年のクロアチア、ドブロヴニク空港付近でのアメリカ空軍CT-43墜落事件は、アメリカ商務省長官のロン・ブラウン、ニューヨークタイムズのフランクフルト局長Nathaniel C. Nash、その他33名を含むアメリカ空軍機の全員が死亡する事件となりました。