アメジストの色は、水晶の中のカラーセンターからきています。
ゴーストタウン・ガラスの紫色は、紫外線にさらされたガラスの中の少量のマンガンに由来しています。 マンガンは、1860年から1915年までガラスの清澄成分として使用されていました。
水晶には一般的に微量の鉄が含まれています（鉄分は100万分の1から数十万分の1）。 この鉄の一部は通常シリコンが占める部位にあり、一部は間質性（通常原子が存在しない部位にある）です。
ガンマ線（周囲の岩石の核崩壊による）は、鉄格子から電子をたたき出し、その電子を間質性鉄に預けることができる。 この+4鉄が特定の波長（357および545ナノメートル）の光を吸収することで、アメジスト色が発生するのです。 そのためには、適切な量の鉄を含む水晶を用意し、十分な自然放射線を当てて、カラーセンターを形成させる必要があります。
アメジストの色は、イオン半径の大きい微量元素の存在下で、構造中のケイ素の代わりに3価の鉄（Fe+3）が照射によって置換されることによって生じることが実証されており、ある程度までは、鉄濃度が低くても遷移元素の置換によって自然にアメジスト色が生じることがあります。
アメジストは、淡いピンクがかった紫から濃い紫までの一次色相を有し、赤と青の二次色相の一方または両方を示すことがあります。 アメジストの最良の品種は、シベリア、スリランカ、ブラジル、極東で見つけることができます。 理想的なグレードは「ディープ・シベリアン」と呼ばれ、第一の紫の色合いが約75～80％、第二の色合いが青と（光源によって）赤が15～20％となっています
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