A császári családot házi őrizetbe küldték Szibériába. 1918 áprilisában és májusában a Romanov család tagjait az Ipatyev-házba – egy jekatyerinburgi kereskedőházba – helyezték át.
A forradalom után júniusban polgárháború tört ki a bolsevik “vörös” hadsereg és a bolsevikellenes “fehér” orosz erők között. Júliusra a fehér hadsereg előrenyomult Jekatyerinburg felé.
A helyi hatóságokat utasították, hogy akadályozzák meg a Romanovok megmentését, és a jekatyerinburgi szovjet titkos ülése után a császári családot halálra ítélték. 1918. július 16-án éjjel a családot felszólították, hogy öltözzenek fel, és menjenek le az Ipatyev-ház pincéjébe, ahol felsorakoztak, mintha egy családi fényképhez pózolnának. Ott a bolsevik csapatok kivégzőosztaggal és szuronyokkal agyonlőtték őket.
A család maradványait 1991-ben fedezték fel egy tömegsírban az Urál-hegységben. Az ezt követő DNS-vizsgálat megerősítette Nicholas, Alexandra és három lányuk személyazonosságát.
Alekszej és egyik nővére maradványai rejtély maradtak egészen 2007-ig, amikor egy második sírt fedeztek fel a nagyobb tömegsír közelében. A sírban két részben elégett csontváz maradványait találták meg, amelyekről a későbbi DNS-vizsgálat kimutatta, hogy Alekszejhez és egyik nővéréhez, valószínűleg Anasztáziához vagy Máriához tartoznak.
Anasztázia Romanov
Nikolaj cár kivégzése után olyan pletykák keltek szárnyra, hogy legfiatalabb lánya, Anasztázia Romanov talán megmenekült családja zord sorsától. A legenda közel egy évszázadon át élt, számos könyvet és filmet ihletett. Az évek során nők tucatjai jelentkeztek, akik azt állították, hogy ők a Romanov hercegnő.
A legismertebb Anasztázia-hasonmás Anna Anderson volt, egy fiatal nő, akit 1920-ban a németországi Berlinben húztak ki egy csatornából, miután öngyilkosságot kísérelt meg. Andersont elmegyógyintézetbe küldték, ahol azt mondta betegtársainak, hogy ő Anasztázia nagyhercegnő.
Az állításai közfigyelmet kaptak, bár a kiterjedt Romanov család legtöbb tagja úgy vélte, hogy ő egy szélhámos. Egy magánnyomozás, amelyet Alexandra cárnő bátyja finanszírozott 1927-ben, megállapította, hogy Anna Anderson valójában egy Franziska Schanzkowska nevű lengyel gyári munkás volt, akinek elmebetegsége volt.