Panama egy transzkontinentális ország, melynek területe 75 417 négyzetkilométer. km-t (29,119 sq mi) Közép- és Dél-Amerika között.
Amint Panama fizikai térképén megfigyelhető, az ország tájképét erdős, vulkanikus eredetű hegyek uralják, amelyek a Costa Rica-i határtól a dél-amerikai Kolumbiáig húzódnak. Jelentős hegyvonulatok közé tartozik a hosszan elnyúló Központi-hegység, valamint a San Blas, a Talamanca és a Tabasara.
A Panama legmagasabb pontja a 3475 m magas Volcán Barú. A térképen egy sárga, felálló háromszög jelzi a pont helyzetét.
A panamai homokos tengerparti partvonalak átmennek erdős síkságokba, amelyek a belföldi hegyvonulatok előhegyeibe emelkednek. Panama keleti harmada (Darien tartomány) ritkán lakott, esőerdőkkel, folyókkal és mocsaras síkságokkal tarkított vidék, amelyet magas hegycsúcsok határolnak. A kolumbiai határ előtt húzódó Darian-szakadék barátságtalan, szinte járhatatlan sűrű dzsungel.
Az északi partvonalat a Bocas del Torro és San Blas szigetcsoportot alkotó több száz kis sziget gyűrűzi be. A déli partok mentén található jelentős szigetek közé tartoznak a Gyöngy-szigetek (a Survivorból ismert), Taboga, Cebaco és Coiba. Több száz folyó vezeti le a szárazföldet, többnyire kisebbek; a jelentősebbek közé tartozik a Charges, a Chepo, a Chucunague, a San Pablo, a Santa Maria és a Tuira.