A “Funkció” szakasz ezen alfejezete a kofaktorokkal kapcsolatos információkat tartalmazza. A kofaktor minden olyan nem fehérje anyag, amely szükséges ahhoz, hogy egy fehérje katalitikusan aktív legyen. Egyes kofaktorok szervetlenek, mint például a cink, a vas és a réz különböző oxidációs állapotú fématomjai. Mások, mint például a legtöbb vitamin, szerves anyagok.
A kofaktorok általában vagy szorosan kötődnek az aktív helyekhez, vagy lazán kapcsolódhatnak az enzimhez. Fontosak lehetnek a szerkezeti integritás szempontjából is, azaz ha nincsenek jelen, az enzim nem hajtódik megfelelően, vagy instabillá válik.
A “Kofaktor” alfejezetet akkor használjuk, ha ionok és más kis ligandumok kötődnek az enzimhez. Ezeket a kofaktor molekulákat ChEBI azonosítókkal képezzük le. Multimerek esetében a kofaktorok vagy csak az enzim egyik alegységéhez, vagy a határfelülethez kötődhetnek. Az előbbi esetben a kofaktor csak ahhoz az alegységhez van annotálva, amelyhez kötődik.
A katalitikus aktivitás alfejezetben felsorolt reakció szubsztrátjai (NAD, FAD, ATP) nem szerepelnek kofaktorokként, kivéve azokat a ritka eseteket, amikor egy enzim ugyanazt a típusú molekulát egy helyen szubsztrátként, máshol pedig kofaktorokként köti.
A következő anyagok nem számítanak kofaktornak:
– Az olyan univerzális anyagok, mint a víz, nem számítanak kofaktornak
– Az olyan ionok, amelyek jól leírt fémkötő domének részét képezik, mint például az EF-kéz.
Ha alternatív molekulák ugyanazon a helyen kofaktorként viselkedhetnek, akkor azokat egy “Cofactor” annotációs blokkban kell felsorolni. Csak azok a molekulák kerülnek megemlítésre, amelyek a maximális aktivitás több mint 50%-át teszik lehetővé, míg a többit a “Megjegyzés” mezőben lehet megemlíteni.
Példák: P00918, G3XD94
Ha egy kofaktor pontos sztöchiometriája ismert, ezt a “Megjegyzés” mezőben kell feltüntetni. Ilyen esetekben csak egy “Cofactor” megjegyzésblokkot kell létrehozni.
Példa: A “Cofactor” megjegyzésblokkban csak egy “Cofactor” megjegyzésblokkot kell létrehozni: Q90240
Ha egy enzim kémiailag különböző kofaktorokat köt meg különböző helyeken, akkor minden helyhez egy “Cofactor” annotációs blokkot kell létrehozni.
Példa: Q90240
Ha egy enzim kémiailag különböző kofaktorokat köt meg különböző helyeken, akkor minden helyhez egy “Cofactor” annotációs blokkot kell létrehozni: P38289
Ha egy enzim kovalens kötésen keresztül köt meg egy kofaktort, a vegyület neve a “Kofaktor”, míg a módosítás neve a “Poszt-transzlációs módosítások (Módosított maradék)” alatt szerepel: P9WP55, B3QM53
Ha van izoforma- vagy lánc-specifikus kofaktor-információ, akkor minden egyes izoformához vagy lánchoz külön “Cofactor” megjegyzésblokkok tartoznak.
Példák: P9WP55, B3QM53
Ha van izoforma- vagy lánc-specifikus kofaktor-információ, akkor minden egyes izoformához vagy lánchoz külön “Cofactor” megjegyzésblokkok tartoznak: O15304, P26662
Ha bebizonyosodik, hogy egy kofaktor nem szükséges az aktivitáshoz, vagy túl bonyolult ahhoz, hogy a ChEBI-vel leírható legyen, akkor lehetséges, hogy a “Cofactor” annotációs blokk csak egy “Megjegyzés”-ből álljon.
Példák: O15304, P26662
Ha egy kofaktorról bebizonyosodik, hogy nem szükséges az aktivitáshoz, vagy túl bonyolult ahhoz, hogy a ChEBI-vel leírható legyen, akkor lehetséges, hogy a “Cofactor” annotációs blokk csak egy “Megjegyzés”-ből áll: A9CEQ7, Q9F1R6