A spanyolországi francia invázió 1808-ban a király és az ország iránti hűség kitörését okozta, és komoly aggodalmat keltett az egyházban. A birodalom sorsa miatti mélységes granadinai aggodalom és a gyarmati és félszigeti alattvalók által a kormányzás ellenőrzésével kapcsolatban a VII. Ferdinánd spanyol király fogsága alatt megkísérelt ellentétes cselekvési irányok Új-Granadában viszálykodáshoz és függetlenségi nyilatkozatokhoz vezettek. 1810-ben az Új-Granadában az alárendelt joghatóságok kirúgták spanyol tisztviselőiket, kivéve Santa Marta, Ríohacha, valamint a mai Panama és Ecuador területét. Az 1810. július 20-i bogotai felkelésről Kolumbiában a függetlenség napjaként emlékeznek meg, bár ezek az új kormányok hűséget esküdtek VII. Ferdinándnak, és csak 1811-ben kezdték el kinyilvánítani függetlenségüket. Az idealisták és az ambiciózus tartományi vezetők föderációra vágytak. A kreol vezetők arra törekedtek, hogy központosítsák a hatalmat az új kormányok felett. Polgárháborúk sorozata következett, ami megkönnyítette Új-Granada Egyesült Tartományainak spanyol visszafoglalását 1814 és 1816 között. A köztársasági erők maradékai a casanare-i llanókba menekültek, ahol újjászerveződtek Francisco de Paula Santander kolumbiai tábornok vezetésével, aki 1840-ben bekövetkezett haláláig a granadinai politika kiemelkedő alakja maradt.
A korona iránti maradék lojalitást elidegenítette az európai és partizáncsapatok büntető önkénye, amelynek tettei érvényt szereztek a spanyol civilizáció elleni támadásnak, amely 1810 végén kezdődött és a 19. században folytatódott. A casanarei lázadó erők csatlakoztak Simón Bolívar erőihez a venezuelai Orinoco medencében. 1819-re befejeződtek a rendi kormányra vonatkozó előkészületek, és Angosturában (ma Ciudad Bolívar, Venezuela) összeült egy alkotmányozó gyűlés, amelyen Casanare és néhány venezuelai tartomány küldöttei vettek részt. Ugyanebben az évben Bolívar megszállta Kolumbiát, és augusztus 7-én Boyacánál döntő vereséget mért a spanyol erőkre. Ezt követte 1821-ben a venezuelai Carabobónál, majd 1822-ben az ecuadori Pichinchánál vívott döntő csata. A felmorzsolódási hadműveletek 1823-ban fejeződtek be, miközben Bolívar tovább vezette erőit Peruba.
Az angosturai kongresszus megalapozta a Kolumbiai Köztársaság megalakulását (1819-30), amelyet általában Gran Colombia néven ismertek, mivel magában foglalta a ma különálló Kolumbia, Panama, Venezuela és Ecuador államokat. A köztársaságot az 1821-es cúcutai kongresszus szervezte meg véglegesen. Ezt megelőzően a kormányzat erősen katonai és hierarchikusan szervezett volt, a regionális alelnökök közvetlen hatalmat gyakoroltak, míg az elnök, Bolívar kampányolt. A központosított képviseleti kormányként megszervezett köztársaságban Bolívar maradt az elnök és Santander megbízott elnök, mint alelnök.
Gran Colombia rövid, virilis életet élt a háború alatt. Az ezt követő polgári és katonai rivalizálás a közhivatalokért és a regionális féltékenységek 1826-ban a José Antonio Páez tábornok által vezetett venezuelai lázadáshoz vezettek. Bolívar visszatért Peruból, hogy helyreállítsa az egységet, de csak személyes hatalmának elismerését biztosította. Az elégedetlenség terjedésével világossá vált, hogy egyetlen csoport sem szereti annyira a köztársaságot, hogy harcoljon a fennmaradásáért. 1829-re Bolívar négy joghatóságra osztotta fel az országot a polgári és katonai hatalommal rendelkező venezuelai tábornokok alatt. Időközben az ocañai konvenciónak nem sikerült újjászerveznie a köztársaságot, és Bolívar rövid diktatúrája (1828-30) sem járt jobb sikerrel. Bolívar ekkor hívta össze az 1830-as konvenciót, amely egy olyan alkotmányt hozott létre, amelyet csak Új-Granadában tiszteltek (az elnevezés akkoriban csak Kolumbiára vonatkozott, a Panama-szorossal együtt). E kongresszus alatt Bolívar lemondott, és az északi partvidékre távozott, ahol 1830. december 17-én Santa Marta közelében meghalt. Ekkorra Venezuela és Ecuador már elszakadt Nagy-Kolumbiától. Új-Granada, amely 1835-ben 1,5 millió lakosú ország volt, magára maradt.
Robert Louis Gilmore