Elsőéves korában Manning volt az egyetemi csapat kezdő irányítója, aki már bemutatkozásakor is brillírozott, és 26 pontos győzelemre vezette a Newmant. “Nem úgy néz ki, mint egy elsőéves. Ez az érettség és az, ahogyan kezeli ezeket a szűk pillanatokat, ott jöhet a nagyság” – mondta utána az edzője. Később, az elsőéves szezonjának októberében Archie Manning azt mondta, hogy Arch megelőzte Peyton és Eli nagybácsikat ugyanabban a korban.
Manning az elsőéves szezonját 2407 yarddal és 34 touchdownnal fejezte be, és elnyerte a MaxPreps National Freshman of the Year kitüntetését, csatlakozva a későbbi NFL játékosokhoz, Jabrill Peppershez és Nick Bosa-hoz, valamint a Clemson irányítójához, Trevor Lawrence-hez.
Manning a tizedik osztályba lépve növekedési hullámot élvezett. Másodévesként Manning hat touchdownt dobva nyitotta a szezont.
2020. október 15-én Manning a Booker T Washington elleni mérkőzésen debütált az országos televízióban. Két touchdownt dobott és további két pontot futott.
A médiafelhajtás elkerülése érdekében Manning családja visszatartotta őt a médiainterjúktól, és visszautasította a korai egyetemi ösztöndíj-ajánlatokat is. “Mindent lezártak” – mondta a helyi média egyik munkatársa – “de a figyelem jönni fog.”