A közösség összetétele drámaian változik a korallzátonyokon belül a változó környezeti tényezők, például a mélység, a hullámzás, az áramlás erőssége, a fény behatolása, a hőmérsékleti tartomány és a zavarosság miatt (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006). Ennek eredményeképpen a korallzátonyokat különböző zónákra osztják, amelyek korallzátony-típusonként eltérőek (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006). A peremzátonyok három zónát különböztetnek meg, amelyeket a zátony lapos zátonyának, a zátony gerincének és a zátony elejének/lejtőjének vagy előzátonyának neveznek (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001;Schwartz 2006; Heemsoth 2014).Ezen zónákon kívül a zátonyzátonyok és atollok egy lagúnával rendelkeznek, amely elválasztja a hátsó zátonyt a partvonaltól (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006; Heemsoth 2014)
Lagúna és hátsó zátonyzóna
Ha valaki a partvonaltól kezdve a nyílt óceán felé haladva átkelne egy zátonyzátonyon, először egy lagúnával találkozna, amely felfelé lejt a hátsó zátonyzónába((Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).A lagúnában található fajok összetétele jelentősen eltérhet a korallzátonyok között az eltérő környezeti feltételek miatt (Lalli és Parsons1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Például a félig zárt, sekély lagúnákban szélsőséges hőmérséklet-ingadozások, valamint nagyobb mértékű üledék- és tápanyaglerakódás fordulhat elő (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Ezzel szemben a lagúnák olyan környezeti feltételekkel rendelkezhetnek, amelyek elősegítik a korallok növekedését és túlélését, mint például a tiszta, nyugodt víz (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). A lagúnákban gyakran megfigyelhetők tengeri fűközösségek is (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014) A hátsó zátonyzóna a lagúna és a korallzátony gerince között helyezkedik el.A hátsó zátony környezeti feltételei hasonlóak a lagúnában tapasztaltakhoz, és korallzátonyonként eltérőek (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).
A lapos zátony
Egy peremzátonyban a lapos zátony zóna közvetlenül a partvonaltól húzódik, és ez az első zóna, amellyel az ember találkozik, ha a korallzátonyon keresztül halad. A zátonyzátony-rendszerekben ez a zóna a hátsó zátonyzóna óceáni oldalán található. Mindkét zátonyrendszerben a zátonyplatót szélsőséges környezeti feltételek jellemzik, mint például a sekély mélység, a jelentős hőmérséklet-ingadozás, az alacsony vízkeringés és egyes esetekben az apály idején a levegőnek való kitettség (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014) A zátonyplató alapját korallváz-anyag, koralltörmelék és homok alkotja, amelyet algák és tengeri fűfajok kolonizálhatnak (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Ez a zóna számos gerinctelen faj számára biztosít állandó élőhelyet, apálykor pedig számos más élőlény vándorol a zátonyplatóra táplálék után kutatva (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).
A zátonygerinc
A zátonygerinc zóna a zátony laposának óceáni oldalán helyezkedik el, és állandó hullámzás és időnkénti légmozgás jellemzi (Lalliand Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Mivel a zátonygerinc mélyebben helyezkedik el, mint a lapos zátonyzóna, a vízkeringés állandóbb, és a hőmérséklet-ingadozás kevésbé szélsőséges, mint az utóbbiban (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). a korallzátony ezen részén az elágazó korallok egyes fajai, például az Acropora palmata (elkorn korall) dominálnak (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Ezek a korallok kiterjedt mezőket alkotnak ebben a zónában, amelyek számos zátonyhal és gerinctelen faj számára nyújtanak élőhelyet (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014)
A zátonyfront vagy lejtő
A zátonygerinc mögött található a zátonyfront vagy lejtő (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Ezen a területen a korallzátony bármely más zónájánál nagyobb a fajok diverzitása és abundanciája (Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).A zátonyfronton vagy -lejtőn belül a környezeti feltételek a mélységgel jelentősen változnak(Lalli és Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). A zátonyfront legmélyebb részein, ahol a hullámzás szélsőséges lehet, a körülmények hasonlóak a zátonygerinchez, és az elágazó korallok, például az Acropora palmatadominálnak (Hubbard 1988; Jackson 1992; Aronson és Precht 2001; Pandolfi és Jackson 2006; Bellwood és Hughes 2006). A mélyebb vizekben azonban, ahol a környezeti feltételek stabilabbak, változatos korallközösségek virágoznak (Lalli andParsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).