Separatist, også kaldet Independent, en af de engelske protestanter i det 16. og 17. århundrede, som ønskede at adskille sig fra den engelske kirkes korruption og danne uafhængige lokale kirker. Separatisterne havde størst politisk indflydelse i England i Commonwealth-tiden (1649-60) under lordprotektoren Oliver Cromwell, der selv var separatist, og som havde størst politisk indflydelse i England. Efterfølgende overlevede de undertrykkelsen og blev efterhånden et vigtigt religiøst mindretal i England.
En grundlæggende tro hos separatisterne var ideen om den “samlede kirke”, der er grundlagt af Helligånden, ikke af mennesker eller staten. Separatisterne troede på, at sande kristne troende skulle opsøge andre kristne og sammen danne deres kirker, og de understregede hver enkelt menigheds ret og ansvar til at bestemme sine egne anliggender uden at skulle underkaste disse beslutninger til en højere menneskelig autoritets dom. Denne opfattelse stod i kontrast til den engelske kirkes territoriale grundlag, hvor alle i et bestemt område blev tildelt sognekirken, og hver lokal menighed underlagde sig tilsynet fra det større kirkehierarki.
Den separatistiske bevægelse var i begyndelsen ulovlig i England, og mange af dens tilhængere blev forfulgt af staten og dens kirke. Ofte blev de stemplet som forrædere, og mange separatister flygtede fra England til mere tolerante lande. En af disse grupper forlod England til Holland i 1608, og i 1620 bosatte nogle af dem, pilgrimmene, sig som bekendt i Plymouth i Massachusetts. Separatisterne fra Plymouth samarbejdede med de puritanere, der bosatte sig i Massachusetts Bay Colony i 1630. Selv om puritanerne oprindeligt havde håbet på at rense og reformere den engelske kirke, accepterede de i New England den menighedsform for kirkeledelse, som pilgrimmene havde indført. Således blev separatisternes og puritanernes kirker til Congregationalists of the United States.